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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8n
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF THE TETRAHEDRAL AMINOPEPTIDASE TET2 FROM P. HORIKOSHII BY USE OF COMBINED SOLID-STATE NMR, SOLUTION-STATE NMR AND EM DATA 4.1 A, FOLLOWED BY REAL_SPACE_REFINEMENT AT 4.1 A
要素Tetrahedral aminopeptidase
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDASE (プロテアーゼ) / PROTEIN QUALITY CONTROL / OLIGOMER (オリゴマー) / AMINOPEPTIDASE
機能・相同性Peptidase M42, domain 2 / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding / Tetrahedral aminopeptidase
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 溶液NMR / 単粒子再構成法 / simulated annealing / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Colletier, J.-P. / Gauto, D. / Estrozi, L. / Favier, A. / Effantin, G. / Schoehn, G. / Boisbouvier, J. / Schanda, P.
資金援助 フランス, 6件
組織認可番号
French National Research AgencyANR-17-CE11-0018-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
European Research CouncilStG-2012-311318-ProtDyn2Function フランス
European Research CouncilCoG-2010-260887 フランス
European Research CouncilStG-311318 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Integrated NMR and cryo-EM atomic-resolution structure determination of a half-megadalton enzyme complex.
著者: Diego F Gauto / Leandro F Estrozi / Charles D Schwieters / Gregory Effantin / Pavel Macek / Remy Sounier / Astrid C Sivertsen / Elena Schmidt / Rime Kerfah / Guillaume Mas / Jacques-Philippe ...著者: Diego F Gauto / Leandro F Estrozi / Charles D Schwieters / Gregory Effantin / Pavel Macek / Remy Sounier / Astrid C Sivertsen / Elena Schmidt / Rime Kerfah / Guillaume Mas / Jacques-Philippe Colletier / Peter Güntert / Adrien Favier / Guy Schoehn / Paul Schanda / Jerome Boisbouvier /
要旨: Atomic-resolution structure determination is crucial for understanding protein function. Cryo-EM and NMR spectroscopy both provide structural information, but currently cryo-EM does not routinely ...Atomic-resolution structure determination is crucial for understanding protein function. Cryo-EM and NMR spectroscopy both provide structural information, but currently cryo-EM does not routinely give access to atomic-level structural data, and, generally, NMR structure determination is restricted to small (<30 kDa) proteins. We introduce an integrated structure determination approach that simultaneously uses NMR and EM data to overcome the limits of each of these methods. The approach enables structure determination of the 468 kDa large dodecameric aminopeptidase TET2 to a precision and accuracy below 1 Å by combining secondary-structure information obtained from near-complete magic-angle-spinning NMR assignments of the 39 kDa-large subunits, distance restraints from backbone amides and ILV methyl groups, and a 4.1 Å resolution EM map. The resulting structure exceeds current standards of NMR and EM structure determination in terms of molecular weight and precision. Importantly, the approach is successful even in cases where only medium-resolution cryo-EM data are available.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahedral aminopeptidase
B: Tetrahedral aminopeptidase
C: Tetrahedral aminopeptidase
D: Tetrahedral aminopeptidase
E: Tetrahedral aminopeptidase
F: Tetrahedral aminopeptidase
G: Tetrahedral aminopeptidase
H: Tetrahedral aminopeptidase
I: Tetrahedral aminopeptidase
J: Tetrahedral aminopeptidase
K: Tetrahedral aminopeptidase
L: Tetrahedral aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,42236
ポリマ-468,85212
非ポリマー1,57024
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy, CryoEM, negative staining EM
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Tetrahedral aminopeptidase / TET aminopeptidase / Leucyl aminopeptidase / PhTET2


分子量: 39071.027 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
遺伝子: frvX, PH1527
Variant: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O59196, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

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実験情報

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実験

実験
手法
電子顕微鏡法
溶液NMR
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic2RFDR 3D
323isotropic2DARR
232isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
344isotropic3CCdream (CC)
354isotropic3NCO
364isotropic3NCOCX
374isotropic3NCACX
384isotropic3CONCACB
394isotropic3CANCOCX
1105isotropic2hCANH
1115isotropic4hCONH
1125isotropic2hcoCAcoNH

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試料調製

構成要素名称: TETRAHEDRAL AMINOPEPTIDASE TET2 / タイプ: COMPLEX
詳細: The structure was built using combined SOLID-STATE NMR, SOLUTION-STATE NMR AND EM DATA, and then refined using phenix.real_space_refine
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blotting time 2s, force 1, drain time 0.
詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid120 mM TRIS, 50 mM non sodium chloride, 100 % H2Oprotein solution at 10 mg/ml was supplemented by methyl-pentanediol, resulting in microcrystalline precipitate. Labeling 2H15N and 13C at methyls of ILV2H15N_ILVCHD2100 % H2O
solution250 mM Tris, 50 mM NaCl, 100% D2O2H15N_ILV-CH3100% D2O
solid320 mM Tris, 50 mM NaCl, 100% H2Oprotein solution at 10 mg/ml was supplemented by methyl-pentanediol, resulting in microcrystalline precipitate. Labeling 13C at all carbons of LKP residuesLKP-labeled100% H2O
solid420 mM Tris, 50 mM NaCl, 100% H2OH2O13C15N TET2100% H2O
solid520 mM TRIS, 50 mM NaCl, 100% H2O2H13C15N100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTRISnone1
50 mMsodium chloridenon1
50 mMTrisnone2
50 mMNaClnone2
20 mMTrisnone3
50 mMNaClnone3
20 mMTrisnone4
50 mMNaClnone4
20 mMTRISnone5
50 mMNaClnone5
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH (kPa)温度 (K)Temperature err
150 mM50 kHz MAS7.5 1 atm300 K2
250 mMsolution8 1 atm328 K
350 mM15kHz MAS7.5 1 atm300 K

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 20000 X / 倍率(補正後): 27773 X / Calibrated defocus min: 8000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 30000 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 90
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002
Varian INOVAVarianINOVA8003
Varian INOVAVarianINOVA6004

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2Latitude3画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7iMODFIT1.44モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.43次元再構成
13X-PLOR4.39モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 30407
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27130 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
VnmrJAgilentcollection
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
Xplor-NIH2.44.8G. Marius Clore , Guillermo Bermejo, , John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandrastructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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