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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r83 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure and molecular model of squid hemocyanin (Todarodes pacificus , TpH) | ||||||||||||
要素 | Hemocyanin subunit 1ヘモシアニン | ||||||||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) / oxygen transporter / mollusc / hemocyanin (ヘモシアニン) / copper (銅) / symmetry mismatch | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Todarodes pacificus (イカ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tanaka, Y. / Kato, S. / Stabrin, M. / Raunser, S. / Matsui, T. / Gatsogiannis, C. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM reveals the asymmetric assembly of squid hemocyanin. 著者: Yoshikazu Tanaka / Sanae Kato / Markus Stabrin / Stefan Raunser / Takashi Matsui / Christos Gatsogiannis / 要旨: The oxygen transporter of molluscs, hemocyanin, consists of long pearl-necklace-like subunits of several globular domains. The subunits assemble in a complex manner to form cylindrical decamers. ...The oxygen transporter of molluscs, hemocyanin, consists of long pearl-necklace-like subunits of several globular domains. The subunits assemble in a complex manner to form cylindrical decamers. Typically, the first six domains of each subunit assemble together to form the cylinder wall, while the C-terminal domains form a collar that fills or caps the cylinder. During evolution, various molluscs have been able to fine-tune their oxygen binding by deleting or adding C-terminal domains and adjusting their inner-collar architecture. However, squids have duplicated one of the wall domains of their subunits instead. Here, using cryo-EM and an optimized refinement protocol implemented in , this work tackled the symmetry-mismatched structure of squid hemocyanin, revealing the precise effect of this duplication on its quaternary structure and providing a potential model for its structural evolution. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r83.cif.gz | 4.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r83.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6r83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r83 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 379741.188 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Todarodes pacificus (イカ) / 参照: UniProt: A0A0P0UX03 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Squid Hemocyanin / タイプ: COMPLEX 詳細: TpH is a decamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units (A,B,C,D,D*,E,F,G). The ten subunits of TpH acquire 4 different overall conformations. Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.8 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Todarodes pacificus (イカ) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5092 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Microscope equipped with Cs corrector |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 24 / 利用したフレーム数/画像: 1-24 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 359250 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196315 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient |