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- PDB-6r6g: Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with SRP. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r6g
タイトルStructure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with SRP.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 12
  • (60S ribosomal protein ...) x 11
  • (Ribosomal protein ...) x 20
  • (Signal recognition particle ...シグナル認識粒子) x 5
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • 7S RNA
  • E-tRNA
  • P-tRNA
  • Signal sequence (HR2)
  • X-box-binding protein 1
  • eL14
  • eL18
  • eL20
  • eL21
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32CD59
  • eL33
  • eL34
  • eL39
  • eL42
  • eL8
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS31
  • mRNA伝令RNA
  • uL11
  • uL15
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL6
  • uS13
  • uS14
  • uS19
  • uS2
  • uS5
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translational pausing / XBP1 (XBP1) / UPR / cotranslational targeting / SRP.
機能・相同性
機能・相同性情報


ATF6-mediated unfolded protein response / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of protein acetylation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / response to insulin-like growth factor stimulus / endoplasmic reticulum signal peptide binding / positive regulation of vascular wound healing / organelle organization / positive regulation of plasma cell differentiation / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting ...ATF6-mediated unfolded protein response / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of protein acetylation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / response to insulin-like growth factor stimulus / endoplasmic reticulum signal peptide binding / positive regulation of vascular wound healing / organelle organization / positive regulation of plasma cell differentiation / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / positive regulation of lactation / IRE1alpha activates chaperones / sterol homeostasis / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / positive regulation of ERAD pathway / signal recognition particle binding / granulocyte differentiation / : / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / negative regulation of translational elongation / negative regulation of myotube differentiation / intracellular triglyceride homeostasis / signal-recognition-particle GTPase / protein targeting to ER / cellular response to fructose stimulus / XBP1(S) activates chaperone genes / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to laminar fluid shear stress / cellular response to nutrient / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / 7S RNA binding / exocrine pancreas development / cellular response to fluid shear stress / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / endothelial cell proliferation / positive regulation of hepatocyte proliferation / muscle organ development / ERAD pathway / positive regulation of T cell differentiation / cellular response to peptide hormone stimulus / positive regulation of B cell differentiation / IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of immunoglobulin production / neuron development / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of fat cell differentiation / fatty acid homeostasis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cellular response to glucose starvation / adipose tissue development / ribonucleoprotein complex binding / 小胞体 / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of autophagy / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to interleukin-4 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to endoplasmic reticulum stress / cytosolic ribosome / 好中球 / cholesterol homeostasis / liver development / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / nuclear estrogen receptor binding / regulation of cell growth / cellular response to glucose stimulus / cellular response to amino acid stimulus / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein destabilization / regulation of protein stability / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / chromatin DNA binding / オートファジー / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / fatty acid biosynthetic process / GDP binding / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein transport / リボソーム生合成 / cellular response to oxidative stress / 5S rRNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 血管新生 / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP9 subunit / SRP9 domain / Signal recognition particle SRP9 / Signal recognition particle 9 kDa protein (SRP9) / Signal recognition particle, SRP14 subunit / Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit / Signal recognition particle 14kD protein / Signal recognition particle subunit SRP68 / Signal recognition particle subunit SRP68, RNA-binding domain / SRP68, N-terminal domain superfamily ...Signal recognition particle, SRP9 subunit / SRP9 domain / Signal recognition particle SRP9 / Signal recognition particle 9 kDa protein (SRP9) / Signal recognition particle, SRP14 subunit / Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit / Signal recognition particle 14kD protein / Signal recognition particle subunit SRP68 / Signal recognition particle subunit SRP68, RNA-binding domain / SRP68, N-terminal domain superfamily / RNA-binding signal recognition particle 68 / Signal recognition particle, SRP54 subunit, eukaryotic / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Basic region leucine zipper / 60S acidic ribosomal protein P0 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal L27e protein family / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L18e / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Signal recognition particle 9 kDa protein / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Signal recognition particle 9 kDa protein / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Uncharacterized protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Signal recognition particle 19 kDa protein / Signal recognition particle 14 kDa protein / X-box-binding protein 1 / Signal recognition particle subunit SRP54 / Signal recognition particle subunit SRP68 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Shanmuganathan, V. / Cheng, J. / Braunger, K. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural and mutational analysis of the ribosome-arresting human XBP1u.
著者: Vivekanandan Shanmuganathan / Nina Schiller / Anastasia Magoulopoulou / Jingdong Cheng / Katharina Braunger / Florian Cymer / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Kenji Kohno / Gunnar von ...著者: Vivekanandan Shanmuganathan / Nina Schiller / Anastasia Magoulopoulou / Jingdong Cheng / Katharina Braunger / Florian Cymer / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Kenji Kohno / Gunnar von Heijne / Roland Beckmann /
要旨: XBP1u, a central component of the unfolded protein response (UPR), is a mammalian protein containing a functionally critical translational arrest peptide (AP). Here, we present a 3 Å cryo-EM ...XBP1u, a central component of the unfolded protein response (UPR), is a mammalian protein containing a functionally critical translational arrest peptide (AP). Here, we present a 3 Å cryo-EM structure of the stalled human XBP1u AP. It forms a unique turn in the ribosomal exit tunnel proximal to the peptidyl transferase center where it causes a subtle distortion, thereby explaining the temporary translational arrest induced by XBP1u. During ribosomal pausing the hydrophobic region 2 (HR2) of XBP1u is recognized by SRP, but fails to efficiently gate the Sec61 translocon. An exhaustive mutagenesis scan of the XBP1u AP revealed that only 8 out of 20 mutagenized positions are optimal; in the remaining 12 positions, we identify 55 different mutations increase the level of translational arrest. Thus, the wildtype XBP1u AP induces only an intermediate level of translational arrest, allowing efficient targeting by SRP without activating the Sec61 channel.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_struct_conn_angle ...em_image_scans / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4735
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: eS31
1: X-box-binding protein 1
2: P-tRNA
3: E-tRNA
4: mRNA
5: 28S ribosomal RNA
6: ribosomal protein RACK1
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
9: uS14
A: uL2
AA: 40S ribosomal protein S30
B: uL3
BB: 40S ribosomal protein S7
C: uL4
CC: 40S ribosomal protein S8
DD: Ribosomal protein S9 (Predicted)
D: 60S ribosomal protein L5
EE: Ribosomal protein S11
E: 60S ribosomal protein L6
FF: Ribosomal protein S28
F: uL30
GG: Ribosomal protein S20
G: eL8
H: uL6
HH: 40S ribosomal protein S21
I: Ribosomal protein L10 (Predicted)
II: uS13
JJ: 40S ribosomal protein S27
J: Ribosomal protein L11
K: 18S ribosomal RNA
KK: eS17
L: 60S ribosomal protein L13
LL: 40S ribosomal protein S26
M: Ribosomal protein L14
MM: 40S ribosomal protein S14
N: Ribosomal protein L15
NN: 40S ribosomal protein S24
O: 60S ribosomal protein L13a
OO: ribosomal protein eS25
P: uL22
PP: eS19
Q: eL18
QQ: ribosomal protein uS15
R: 60S ribosomal protein L19
RR: 40S ribosomal protein S12
S: eL20
SS: eS10
T: eL21
TT: Ribosomal protein S15a
UU: Ribosomal protein S16
U: 60S ribosomal protein L22
VV: Ribosomal protein S23
V: eL14
W: Ribosomal protein L24
WW: uS19
X: uL23
Y: Ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
a: uL15
b: eL29
c: eL30
d: eL31
e: eL32
f: eL33
g: eL34
h: uL29
i: 60S ribosomal protein L36
j: Ribosomal protein L37
k: 60S ribosomal protein L38
l: eL39
m: 60S ribosomal protein L40
n: 60s ribosomal protein l41
o: eL42
p: ribosomal protein eL43
q: uS2
r: eL28
s: 60S acidic ribosomal protein P0
t: uL11
u: 40S ribosomal protein S3a
v: uS5
w: Ribosomal protein S3
x: 40S ribosomal protein S4
y: Ribosomal protein S5
z: 40S ribosomal protein S6
AB: Signal recognition particle 54 kDa protein
AF: 7S RNA
AC: Signal recognition particle subunit SRP19
AI: Signal recognition particle subunit SRP68
AD: Signal recognition particle 9 kDa protein
AE: Signal recognition particle 14 kDa protein
AG: Signal sequence (HR2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,366,389396
ポリマ－3,358,79492
非ポリマー7,594304
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 33種, 33分子 09ABCFGHIIKKPPPQSSSTVWWXabcdefghoqr...

#1: タンパク質 eS31


分子量: 7986.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#10: タンパク質 uS14


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#11: タンパク質 uL2


分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#13: タンパク質 uL3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#15: タンパク質 uL4


分子量: 41101.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#22: タンパク質 uL30


分子量: 26658.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#24: タンパク質 eL8


分子量: 27351.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#25: タンパク質 uL6


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#28: タンパク質 uS13


分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZI5, UniProt: G1TPG3*PLUS
#32: タンパク質 eS17


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#41: タンパク質 uL22


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6, UniProt: G1SCJ6*PLUS
#42: タンパク質 eS19


分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#43: タンパク質 eL18


分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX70
#47: タンパク質 eL20


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#48: タンパク質 eS10


分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#49: タンパク質 eL21 /


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#54: タンパク質 eL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#56: タンパク質 uS19


分子量: 14246.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#57: タンパク質 uL23


分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#60: タンパク質 uL15


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#61: タンパク質 eL29


分子量: 13401.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#62: タンパク質 eL30


分子量: 10914.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#63: タンパク質 eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#64: タンパク質 eL32 / CD59


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUN8
#65: タンパク質 eL33


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#66: タンパク質 eL34 /


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#67: タンパク質 uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#74: タンパク質 eL42


分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#76: タンパク質 uS2


分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#77: タンパク質 eL28


分子量: 14220.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#78: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 /


分子量: 21521.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U6N2
#79: タンパク質 uL11


分子量: 16561.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#81: タンパク質 uS5


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 1lAG

#2: タンパク質・ペプチド X-box-binding protein 1 / XBP-1 / Tax-responsive element-binding protein 5 / TREB-5


分子量: 2895.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XBP1, TREB5, XBP2 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P17861
#71: タンパク質・ペプチド eL39


分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#92: タンパク質・ペプチド Signal sequence (HR2)


分子量: 1375.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 234578KAF

#3: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24108.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24148.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#5: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 1877.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: RNA鎖 28S ribosomal RNA /


分子量: 1148420.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#8: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#9: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 48545.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#31: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 548040.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#87: RNA鎖 7S RNA


分子量: 66779.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)

-
Ribosomal protein ... , 20種, 20分子 6DDEEFFGGIJMNOOQQTTUUVVWYjpwy

#7: タンパク質 ribosomal protein RACK1 /


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#17: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted) / リボソーム


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#19: タンパク質 Ribosomal protein S11 /


分子量: 17586.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#21: タンパク質 Ribosomal protein S28 /


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#23: タンパク質 Ribosomal protein S20 / / uS10


分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#27: タンパク質 Ribosomal protein L10 (Predicted) / リボソーム


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#30: タンパク質 Ribosomal protein L11 /


分子量: 19399.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#35: タンパク質 Ribosomal protein L14 /


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#37: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#40: タンパク質 ribosomal protein eS25 /


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#44: タンパク質 ribosomal protein uS15 /


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#50: タンパク質 Ribosomal protein S15a / リボソーム


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#51: タンパク質 Ribosomal protein S16 /


分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#53: タンパク質 Ribosomal protein S23 /


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#55: タンパク質 Ribosomal protein L24 /


分子量: 14131.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#58: タンパク質 Ribosomal protein L26 /


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#69: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#75: タンパク質 ribosomal protein eL43 /


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#82: タンパク質 Ribosomal protein S3 /


分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#84: タンパク質 Ribosomal protein S5 /


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5

-
40S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 AABBCCHHJJLLMMNNRRuxz

#12: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6317.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / eS26


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / / eS24


分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 13048.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#85: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55

-
60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 DELORUZikmn

#18: タンパク質 60S ribosomal protein L5 /


分子量: 34077.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L6 /


分子量: 28818.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 24200.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV0
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / / uL13


分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / / eL19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / / eL22


分子量: 11495.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L40 / / eL40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#73: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41 / / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Signal recognition particle ... , 5種, 5分子 ABACAIADAE

#86: タンパク質 Signal recognition particle 54 kDa protein / SRP54


分子量: 47844.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P61010
#88: タンパク質 Signal recognition particle subunit SRP19 / シグナル認識粒子


分子量: 12159.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: J9PAS6
#89: タンパク質 Signal recognition particle subunit SRP68 / シグナル認識粒子 / SRP68 / Signal recognition particle 68 kDa protein


分子量: 23220.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q00004
#90: タンパク質 Signal recognition particle 9 kDa protein / SRP9


分子量: 8705.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: F1Q0Z5
#91: タンパク質 Signal recognition particle 14 kDa protein / SRP14


分子量: 10651.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P16255

-
非ポリマー , 2種, 304分子

#93: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#94: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with SRP.RIBOSOME#1-#920MULTIPLE SOURCES
2Structure of XBP1u-paused nascent chain complex with SRP.COMPLEX#1-#921NATURALribosome
3P- and E- site tRNACOMPLEX#3-#41NATURAL
4X-box-binding protein 1COMPLEX#21RECOMBINANTPausing sequence of XBP1u
5mRNA encoding XBP1uCOMPLEX#51RECOMBINANT
6SRPCOMPLEX#86-#911NATURAL
7Signal sequence (HR2)COMPLEX#921NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Homo sapiens (ヒト)9606
56Canis lupus familiaris (イヌ)9615
67Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
14Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
25synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24875 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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