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万見
- PDB-6r6b: Structure of the core Shigella flexneri type III secretion system... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r6b
タイトルStructure of the core Shigella flexneri type III secretion system export gate complex SctRST (Spa24/Spa9/Spa29).
要素
  • Surface presentation of antigens protein SpaP
  • Surface presentation of antigens protein SpaQ
  • Surface presentation of antigens protein SpaR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type III secretion / T3SS / Flagella (鞭毛) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / protein targeting / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaP / Surface presentation of antigens protein SpaQ / Surface presentation of antigens protein SpaR
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Johnson, S. / Kuhlen, L. / Deme, J.C. / Abrusci, P. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)M011984 英国
Wellcome Trust201536 英国
Wellcome Trust109136 英国
Wellcome Trust201536 英国
Wolfson FoundationWL160052 英国
引用
ジャーナル: mBio / 年: 2019
タイトル: The Structure of an Injectisome Export Gate Demonstrates Conservation of Architecture in the Core Export Gate between Flagellar and Virulence Type III Secretion Systems.
著者: Steven Johnson / Lucas Kuhlen / Justin C Deme / Patrizia Abrusci / Susan M Lea /
要旨: Export of proteins through type III secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Proteins are exported through a genetically defined export gate ...Export of proteins through type III secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Proteins are exported through a genetically defined export gate complex consisting of three proteins. We have recently shown at 4.2 Å that the flagellar complex of these three putative membrane proteins (FliPQR in flagellar systems, SctRST in virulence systems) assembles into an extramembrane helical assembly that likely seeds correct assembly of the rod. Here we present the structure of an equivalent complex from the virulence system at 3.5 Å by cryo-electron microscopy. This higher-resolution structure yields a more precise description of the structure and confirms the prediction of structural conservation in this core complex. Analysis of particle heterogeneity also suggests how the SctS/FliQ subunits sequentially assemble in the complex. Although predicted on the basis of sequence conservation, the work presented here formally demonstrates that all classes of type III secretion systems, flagellar or virulence, share the same architecture at the level of the core structures. This absolute conservation of the unusual extramembrane structure of the core export gate complex now allows work to move to focusing on both mechanistic studies of type III but also on fundamental studies of how such a complex is assembled.
#1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of the core of the type III secretion system export apparatus.
著者: Lucas Kuhlen / Patrizia Abrusci / Steven Johnson / Joseph Gault / Justin Deme / Joseph Caesar / Tobias Dietsche / Mehari Tesfazgi Mebrhatu / Tariq Ganief / Boris Macek / Samuel Wagner / Carol ...著者: Lucas Kuhlen / Patrizia Abrusci / Steven Johnson / Joseph Gault / Justin Deme / Joseph Caesar / Tobias Dietsche / Mehari Tesfazgi Mebrhatu / Tariq Ganief / Boris Macek / Samuel Wagner / Carol V Robinson / Susan M Lea /
要旨: Export of proteins through type III secretion systems is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Three putative integral membrane proteins (FliP, FliQ, FliR) are ...Export of proteins through type III secretion systems is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Three putative integral membrane proteins (FliP, FliQ, FliR) are suggested to form the core of an export gate in the inner membrane, but their structure, assembly and location within the final nanomachine remain unclear. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of the Salmonella Typhimurium FliP-FliQ-FliR complex at 4.2 Å. None of the subunits adopt canonical integral membrane protein topologies, and common helix-turn-helix structural elements allow them to form a helical assembly with 5:4:1 stoichiometry. Fitting of the structure into reconstructions of intact secretion systems, combined with cross-linking, localize the export gate as a core component of the periplasmic portion of the machinery. This study thereby identifies the export gate as a key element of the secretion channel and implies that it primes the helical architecture of the components assembling downstream.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4734
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface presentation of antigens protein SpaP
B: Surface presentation of antigens protein SpaP
C: Surface presentation of antigens protein SpaP
D: Surface presentation of antigens protein SpaP
E: Surface presentation of antigens protein SpaP
F: Surface presentation of antigens protein SpaR
I: Surface presentation of antigens protein SpaQ
G: Surface presentation of antigens protein SpaQ
H: Surface presentation of antigens protein SpaQ
J: Surface presentation of antigens protein SpaQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,45510
ポリマ－191,45510
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area43470 Å2
ΔGint-493 kcal/mol
Surface area55080 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Surface presentation of antigens protein SpaP / Spa24 protein


分子量: 24215.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaP, spa24, CP0153 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): MT56 / 参照: UniProt: P0A1L3
#2: タンパク質 Surface presentation of antigens protein SpaR / Spa29 protein


分子量: 32644.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaR, spa29, CP0155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): MT56 / 参照: UniProt: P0A1M6
#3: タンパク質
Surface presentation of antigens protein SpaQ / Protein spa9


分子量: 9433.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaQ, spa9, CP0154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): MT56 / 参照: UniProt: P0A1M4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Shigella flexneri type III secretion export gate (Spa24Spa9Spa29)Type three secretion system
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.191 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MT56
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1100 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウム1
31 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
試料濃度: 8.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3741
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1.8CTF補正
7Buccaneerモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 775073
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212561 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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