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- PDB-6r5k: Cryo-EM structure of a poly(A) RNP bound to the Pan2-Pan3 deadenylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r5k
タイトルCryo-EM structure of a poly(A) RNP bound to the Pan2-Pan3 deadenylase
要素
  • (PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit ...) x 2
  • PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
  • Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
  • poly(A) RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / poly(A)-tail / mRNA (伝令RNA) / RNP / PABP (PCI DSS) / Pab1 / Pan2-Pan3 / Ccr4-Not / deadenylase / RRM / cryoEM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ribonuclease inhibitor activity / PAN complex / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / postreplication repair / poly(U) RNA binding / regulation of translational initiation ...regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ribonuclease inhibitor activity / PAN complex / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / postreplication repair / poly(U) RNA binding / regulation of translational initiation / Translation initiation complex formation / intracellular non-membrane-bounded organelle / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA transport / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / promoter-specific chromatin binding / P-body / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / nucleic acid binding / リボソーム / protein kinase activity / ribonucleoprotein complex / DNA修復 / mRNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / : / PABP, RNA recognition motif 2 ...PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / PABC (PABP) domain / エキソヌクレアーゼ / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Schaefer, I.B. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for poly(A) RNP Architecture and Recognition by the Pan2-Pan3 Deadenylase.
著者: Ingmar B Schäfer / Masami Yamashita / Jan Michael Schuller / Steffen Schüssler / Peter Reichelt / Mike Strauss / Elena Conti /
要旨: The stability of eukaryotic mRNAs is dependent on a ribonucleoprotein (RNP) complex of poly(A)-binding proteins (PABPC1/Pab1) organized on the poly(A) tail. This poly(A) RNP not only protects mRNAs ...The stability of eukaryotic mRNAs is dependent on a ribonucleoprotein (RNP) complex of poly(A)-binding proteins (PABPC1/Pab1) organized on the poly(A) tail. This poly(A) RNP not only protects mRNAs from premature degradation but also stimulates the Pan2-Pan3 deadenylase complex to catalyze the first step of poly(A) tail shortening. We reconstituted this process in vitro using recombinant proteins and show that Pan2-Pan3 associates with and degrades poly(A) RNPs containing two or more Pab1 molecules. The cryo-EM structure of Pan2-Pan3 in complex with a poly(A) RNP composed of 90 adenosines and three Pab1 protomers shows how the oligomerization interfaces of Pab1 are recognized by conserved features of the deadenylase and thread the poly(A) RNA substrate into the nuclease active site. The structure reveals the basis for the periodic repeating architecture at the 3' end of cytoplasmic mRNAs. This illustrates mechanistically how RNA-bound Pab1 oligomers act as rulers for poly(A) tail length over the mRNAs' lifetime.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / software / Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
D: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
E: poly(A) RNA
F: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
H: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
N: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
O: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,2799
ポリマ－482,2317
非ポリマー492
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking, assay for oligomerization, immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area44360 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area139370 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADFH

#1: タンパク質 PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 2 / ...PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 2 / PAN deadenylation complex subunit 2


分子量: 127186.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PAN2, YGL094C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53010, poly(A)-specific ribonuclease
#2: タンパク質 Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear / Poly(A)-binding protein / ARS consensus-binding protein ACBP-67 / Polyadenylate tail-binding protein


分子量: 64778.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PAB1, YER165W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04147

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PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit ... , 2種, 2分子 NO

#4: タンパク質 PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 3 / ...PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 3 / PAN deadenylation complex subunit 3


分子量: 53218.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PAN3, ECM35, YKL025C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P36102
#5: タンパク質 PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 3 / ...PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 3 / PAN deadenylation complex subunit 3


分子量: 77906.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PAN3, ECM35, YKL025C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P36102

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 E

#3: RNA鎖 poly(A) RNA


分子量: 29583.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNACOMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2Pan2-Pan3COMPLEX#1, #4-#51RECOMBINANT
3Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclearCOMPLEX#21RECOMBINANT
4RNAリボ核酸COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量値: 0.498 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
23Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
34Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6463
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3026精密化
PHENIXdev_3026精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.5画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9RELION3.0-beta-1初期オイラー角割当
10RELION3.0-beta-1最終オイラー角割当
11RELION3.0-beta-1分類
12RELION3.0-beta-1３次元再構成
13Coot0.8モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2141230
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29165 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 45.7 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化最高解像度: 4.8 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005224156
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.109433112
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06053767
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00714042
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.088114290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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