[日本語] English
万見
- PDB-6r3q: The structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activate... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r3q
タイトルThe structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein
要素
  • Adenylate cyclase 9アデニル酸シクラーゼ
  • Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / adenylyl cyclase (アデニル酸シクラーゼ) / G protein (Gタンパク質) / occluded state
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / PKA activation / アデニル酸シクラーゼ / mu-type opioid receptor binding / Hedgehog 'off' state / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity ...Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / PKA activation / アデニル酸シクラーゼ / mu-type opioid receptor binding / Hedgehog 'off' state / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / G alpha (z) signalling events / beta-2 adrenergic receptor binding / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / adenylate cyclase activator activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / in utero embryonic development / intracellular signal transduction / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / G-protein alpha subunit, group S ...GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / アデニル酸シクラーゼ / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Korkhov, V.M. / Qi, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation150665 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: The structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein.
著者: Chao Qi / Simona Sorrentino / Ohad Medalia / Volodymyr M Korkhov /
要旨: Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. ...Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. Signals received by the G protein-coupled receptors are conveyed to ACs through G proteins to modulate the levels of cellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the bovine membrane AC9 bound to an activated G protein αs subunit at 3.4-angstrom resolution. The structure reveals the organization of the membrane domain and helical domain that spans between the membrane and catalytic domains of AC9. The carboxyl-terminal extension of the catalytic domain occludes both the catalytic and the allosteric sites of AC9, inducing a conformation distinct from the substrate- and activator-bound state, suggesting a regulatory role in cAMP production.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_image_scans / Item: _em_3d_fitting.target_criteria

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4719
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase 9
B: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,9014
ポリマ－229,3372
非ポリマー5642
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3020 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area57380 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase 9 / アデニル酸シクラーゼ / Adenylyl CYclase family member (Acy-1)-like


分子量: 182404.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADCY9, BOS_22626 / プラスミド: pUH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1BM79
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 46932.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNAS, GNAS1 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04896
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of adenylyl cyclase AC9 with G protein subunit GalphasCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Adenylate cyclase 9アデニル酸シクラーゼCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms shortCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bos taurus (ウシ)9913
33Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
22Homo sapiens (ヒト)9606HEK293F
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 5817

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1.0粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9RELION2.1.0初期オイラー角割当
10RELION2.1.0最終オイラー角割当
11RELION2.1.0分類
12RELION2.1.0３次元再構成
13PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 656817
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170456 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 110.92 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る