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- PDB-6qpi: Cryo-EM structure of calcium-free mTMEM16F lipid scramblase in na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qpi
タイトルCryo-EM structure of calcium-free mTMEM16F lipid scramblase in nanodisc
要素Anoctamin-6Calcium-dependent chloride channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / lipid scrambles / TMEM16
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / phosphatidylserine exposure on blood platelet / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / activation of blood coagulation via clotting cascade ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / phosphatidylserine exposure on blood platelet / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / activation of blood coagulation via clotting cascade / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bone mineralization involved in bone maturation / pore complex assembly / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / voltage-gated monoatomic ion channel activity / bleb assembly / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Stimuli-sensing channels / calcium-activated cation channel activity / voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of monocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis / chloride transport / phospholipid translocation / chloride channel activity / monoatomic cation transport / chloride channel complex / sodium ion transmembrane transport / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of bone mineralization / chloride transmembrane transport / Neutrophil degranulation / synaptic membrane / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / 凝固・線溶系 / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Anoctamin, dimerisation domain / Dimerisation domain of Ca+-activated chloride-channel, anoctamin / Anoctamin / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Alvadia, C. / Lim, N.K. / Clerico Mosina, V. / Oostergetel, G.T. / Dutzler, R. / Paulino, C.
資金援助 スイス, オランダ, 2件
組織認可番号
European Research Council339116, AnoBest. スイス
Netherlands Organisation for Scientific Research740.018.016 オランダ
引用ジャーナル: Elife / : 2019
タイトル: Cryo-EM structures and functional characterization of the murine lipid scramblase TMEM16F.
著者: Carolina Alvadia / Novandy K Lim / Vanessa Clerico Mosina / Gert T Oostergetel / Raimund Dutzler / Cristina Paulino /
要旨: The lipid scramblase TMEM16F initiates blood coagulation by catalyzing the exposure of phosphatidylserine in platelets. The protein is part of a family of membrane proteins, which encompasses calcium- ...The lipid scramblase TMEM16F initiates blood coagulation by catalyzing the exposure of phosphatidylserine in platelets. The protein is part of a family of membrane proteins, which encompasses calcium-activated channels for ions and lipids. Here, we reveal features of murine TMEM16F (mTMEM16F) that underlie its function as a lipid scramblase and an ion channel. The cryo-EM data of mTMEM16F in absence and presence of Ca define the ligand-free closed conformation of the protein and the structure of a Ca-bound intermediate. Both conformations resemble their counterparts of the scrambling-incompetent anion channel mTMEM16A, yet with distinct differences in the region of ion and lipid permeation. In conjunction with functional data, we demonstrate the relationship between ion conduction and lipid scrambling. Although activated by a common mechanism, both functions appear to be mediated by alternate protein conformations that are at equilibrium in the ligand-bound state.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_admin / em_single_particle_entity / pdbx_database_proc
Item: _em_admin.last_update / _em_single_particle_entity.point_symmetry

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4614
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anoctamin-6
B: Anoctamin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,7352
ポリマ-212,7352
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Anoctamin-6 / Calcium-dependent chloride channel / Small-conductance calcium-activated nonselective cation channel / SCAN channel / Transmembrane protein 16F


分子量: 106367.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ano6, Tmem16f / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9J9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mTMEM16F / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量: 0.212 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T cells
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5 and 2 mM EGTA
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: at 5 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 49407 X / 倍率(補正後): 49407 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 8706
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン: 3838 / : 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1b粒子像選択
2EPU1.9.1画像取得
4CTFFIND4.1.8CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION2.1b初期オイラー角割当
11RELION2.1b最終オイラー角割当
13RELION2.1b3次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1593115
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 280891 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 9 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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