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- PDB-6qp9: Drosophila Semaphorin 1a, extracellular domains 1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qp9
タイトルDrosophila Semaphorin 1a, extracellular domains 1-2
要素Semaphorin-1A
キーワードSIGNALING PROTEIN / axon guidance cue / developmental protein (ヒトの発達) / cell signalling / semaphorin (セマフォリン) / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin-plexin signaling pathway involved in regulation of photoreceptor cell axon guidance / Other semaphorin interactions / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / synaptic target recognition / semaphorin receptor binding / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / chemorepellent activity / negative regulation of cell size / motor neuron axon guidance / axon midline choice point recognition ...semaphorin-plexin signaling pathway involved in regulation of photoreceptor cell axon guidance / Other semaphorin interactions / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / synaptic target recognition / semaphorin receptor binding / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / chemorepellent activity / negative regulation of cell size / motor neuron axon guidance / axon midline choice point recognition / dendrite morphogenesis / negative chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / synapse assembly / 軸索誘導 / heparin binding / membrane => GO:0016020 / positive regulation of cell migration / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Semaphorin-1A, sema domain / セマフォリン / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain ...Semaphorin-1A, sema domain / セマフォリン / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Rozbesky, D. / Robinson, R.A. / Harlos, K. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M000141/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Diversity of oligomerization in Drosophila semaphorins suggests a mechanism of functional fine-tuning.
著者: Rozbesky, D. / Robinson, R.A. / Jain, V. / Renner, M. / Malinauskas, T. / Harlos, K. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-1A
B: Semaphorin-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1836
ポリマ－119,8922
非ポリマー1,2914
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, analytical ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area50290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.476, 99.476, 150.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Semaphorin-1A / Semaphorin-I / Sema I


分子量: 59945.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sema1a, Dsema-I, Sema-1a, CG18405 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q24322
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.2 M ammonium sulphate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.74 Å / Num. obs: 19133 / % possible obs: 96.98 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.6→3.82 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FKK

6fkk


解像度: 3.6→49.738 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 135.19 / 位相誤差: 53.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 786 5.14 %
Rwork0.2875 --
obs0.2934 15300 79.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7916 0 84 0 8000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028205
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57511169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4884922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.82510.4003810.35121036X-RAY DIFFRACTION32
3.8251-4.11960.30251080.31361608X-RAY DIFFRACTION51
4.1196-4.53270.24851530.29952736X-RAY DIFFRACTION85
4.5327-5.18510.36021630.27883004X-RAY DIFFRACTION94
5.1851-6.51960.32071560.2833028X-RAY DIFFRACTION95
6.5196-28.35420.35961180.28713079X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 105.2393 Å / Origin y: -3.7203 Å / Origin z: -21.6492 Å
111213212223313233
T-0.0623 Å20.087 Å20.0802 Å2-0.1253 Å20.0062 Å2--0.223 Å2
L0.7033 °20.2536 °20.299 °2-1.6268 °2-0.215 °2--2.8561 °2
S0.2094 Å °-0.025 Å °-0.163 Å °-0.2651 Å °-0.0305 Å °-0.2956 Å °0.0008 Å °-0.0276 Å °0.0376 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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