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万見
- PDB-6qkl: Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qkl
タイトルMechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 6
  • 26S RIBOSOMAL RNAリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Ribosome maturation protein SBDS
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 60S subunit / eIF6 / SBDS / uL16
機能・相同性
機能・相同性情報


L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Separation of Sister Chromatids / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) ...L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Separation of Sister Chromatids / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hedgehog ligand biogenesis / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of necroptotic cell death / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Ub-specific processing proteases / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / : / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Peroxisomal protein import / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / : / : / Aggrephagy / Pexophagy / : / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / : / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Neddylation / Iron uptake and transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / leukocyte chemotaxis / bone marrow development / inner cell mass cell proliferation / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / bone mineralization / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / hematopoietic progenitor cell differentiation / phagocytic vesicle / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / 細胞外マトリックス / translation initiation factor activity / lipid droplet / assembly of large subunit precursor of preribosome / mitotic spindle organization / cytosolic ribosome assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / 紡錘体 / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / microtubule binding / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #300 / ZNF265 like - #50 / ZNF265 like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #300 / ZNF265 like - #50 / ZNF265 like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3; domain 3 / Ribosomal protein L3, domain 3 / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, - #10 / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L6 / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Translation factors / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L6 signature 2. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / : / Few Secondary Structures / イレギュラー / Ubiquitin family / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ubiquitin homologues / Ribosomal protein L6 / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 signature. / Zinc-binding ribosomal protein / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Βバレル / 2-Layer Sandwich
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Ribosome maturation protein SBDS
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kargas, V. / Warren, A.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Bloodwise12048 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105161083 英国
Wellcome Trust100140 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit.
著者: Félix Weis / Emmanuel Giudice / Mark Churcher / Li Jin / Christine Hilcenko / Chi C Wong / David Traynor / Robert R Kay / Alan J Warren /
要旨: SBDS protein (deficient in the inherited leukemia-predisposition disorder Shwachman-Diamond syndrome) and the GTPase EFL1 (an EF-G homolog) activate nascent 60S ribosomal subunits for translation by ...SBDS protein (deficient in the inherited leukemia-predisposition disorder Shwachman-Diamond syndrome) and the GTPase EFL1 (an EF-G homolog) activate nascent 60S ribosomal subunits for translation by catalyzing eviction of the antiassociation factor eIF6 from nascent 60S ribosomal subunits. However, the mechanism is completely unknown. Here, we present cryo-EM structures of human SBDS and SBDS-EFL1 bound to Dictyostelium discoideum 60S ribosomal subunits with and without endogenous eIF6. SBDS assesses the integrity of the peptidyl (P) site, bridging uL16 (mutated in T-cell acute lymphoblastic leukemia) with uL11 at the P-stalk base and the sarcin-ricin loop. Upon EFL1 binding, SBDS is repositioned around helix 69, thus facilitating a conformational switch in EFL1 that displaces eIF6 by competing for an overlapping binding site on the 60S ribosomal subunit. Our data reveal the conserved mechanism of eIF6 release, which is corrupted in both inherited and sporadic leukemias.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_image_scans
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3145
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: 26S RIBOSOMAL RNA
A: 60S ribosomal protein L3
B: 60S ribosomal protein L9
E: 60S ribosomal protein L23
F: 60S ribosomal protein L10
G: 60S ribosomal protein L24
H: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
I: Eukaryotic translation initiation factor 6
J: Ribosome maturation protein SBDS
C: 60S acidic ribosomal protein P0
D: 60S ribosomal protein L12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,419,23811
ポリマ－1,419,23811
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area48660 Å2
ΔGint-428 kcal/mol
Surface area230990 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 N

#1: RNA鎖 26S RIBOSOMAL RNA / リボソームRNA


分子量: 1205997.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

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60S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 ABEFGD

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L3 /


分子量: 45158.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: P34113
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L9 /


分子量: 21250.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54XI5
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L23 /


分子量: 14567.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54G86
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L10 /


分子量: 24591.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54J69
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L24 /


分子量: 8334.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54VN6
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L12 /


分子量: 17811.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54J50

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タンパク質 , 4種, 4分子 HIJC

#7: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 6170.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: P14794
#8: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 24107.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q551M2
#9: タンパク質 Ribosome maturation protein SBDS / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein


分子量: 28813.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SBDS, CGI-97 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3A5
#10: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 /


分子量: 22434.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: P22685

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DICTYOSTELIUM 60S CARRYING ENDOGENOUS EIF6 WITH RECOMBINANT HUMAN SBDS
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 120 K / 詳細: 1 BLOT 6.5S

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND3CTF補正
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43063 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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