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- PDB-6qgb: Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase bound to benzoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgb
タイトルCrystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase bound to benzoic acid
要素Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Plastic-degrading hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / I. sakaiensis catalytic triad
機能・相同性
機能・相同性情報


mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / cellular response to organic substance / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
安息香酸 / Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Ideonella sakaiensis (イデオネラ・サカイエンシス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Palm, G.J. / Reisky, L. / Boettcher, D. / Mueller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Structure of the plastic-degrading Ideonella sakaiensis MHETase bound to a substrate.
著者: Palm, G.J. / Reisky, L. / Bottcher, D. / Muller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, M.C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,40037
ポリマ-377,0656
非ポリマー2,33631
35,7421984
1
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2697
ポリマ-62,8441
非ポリマー4256
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4488
ポリマ-62,8441
非ポリマー6047
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1385
ポリマ-62,8441
非ポリマー2944
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1385
ポリマ-62,8441
非ポリマー2944
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1385
ポリマ-62,8441
非ポリマー2944
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2697
ポリマ-62,8441
非ポリマー4256
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.141, 184.048, 247.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHETase


分子量: 62844.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (イデオネラ・サカイエンシス)
遺伝子: ISF6_0224
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase

-
非ポリマー , 6種, 2015分子

#2: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C7H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1984 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% (v/v) 2,4-MPD and 0.12 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 254053 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 6.54
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→46.086 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2667 1.05 %
Rwork0.1854 --
obs0.1857 254007 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24717 0 125 1984 26826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00725490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70734727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.75414906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054635
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.199-2.2390.34561330.295412502X-RAY DIFFRACTION94
2.239-2.28210.29291400.279113211X-RAY DIFFRACTION100
2.2821-2.32860.30951400.278613216X-RAY DIFFRACTION100
2.3286-2.37930.32751400.26713181X-RAY DIFFRACTION99
2.3793-2.43460.29171390.262713135X-RAY DIFFRACTION99
2.4346-2.49550.29241390.256213091X-RAY DIFFRACTION99
2.4955-2.5630.23111410.239213244X-RAY DIFFRACTION100
2.563-2.63840.26761400.229213246X-RAY DIFFRACTION100
2.6384-2.72350.21061410.225913268X-RAY DIFFRACTION100
2.7235-2.82080.24161410.206813261X-RAY DIFFRACTION100
2.8208-2.93380.25531410.20513289X-RAY DIFFRACTION100
2.9338-3.06730.23491410.193413317X-RAY DIFFRACTION100
3.0673-3.22890.21591410.190813272X-RAY DIFFRACTION100
3.2289-3.43120.20431410.176613312X-RAY DIFFRACTION99
3.4312-3.6960.20951390.158913115X-RAY DIFFRACTION98
3.696-4.06770.16811420.141113355X-RAY DIFFRACTION100
4.0677-4.65590.14771420.125513387X-RAY DIFFRACTION99
4.6559-5.8640.17171430.141513426X-RAY DIFFRACTION99
5.864-46.09650.1531430.150713512X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90491.3780.12652.54941.07521.4558-0.1670.26320.5124-0.2748-0.03210.4705-0.6781-0.38740.2090.50370.1159-0.12110.41830.04420.46674.28659.3285-74.6832
22.08141.57940.43281.26370.05410.7088-0.1022-0.06510.1998-0.1295-0.06910.29-0.1455-0.10140.16350.32580.0673-0.02540.3273-0.02860.42393.43814.3982-62.0466
30.79710.23420.31041.2632-0.2691.1955-0.0734-0.03190.11270.0058-0.08250.1169-0.0782-0.05150.14530.30240.0221-0.0280.2916-0.03040.33119.94220.5149-61.5993
42.78211.8913-0.59322.3056-0.80221.202-0.0304-0.05770.121-0.12840.04720.2851-0.05-0.1914-0.07210.2930.0666-0.03340.3279-0.04740.3498-0.1255-6.9112-64.3219
51.19120.39790.06851.1386-0.3080.88810.0591-0.1474-0.1222-0.032-0.11560.04030.03880.00330.0470.26460.0138-0.00910.3294-0.01460.34810.3156-15.1763-57.8853
62.04540.112-0.26670.69540.27091.34060.2222-0.5643-0.28950.3307-0.2004-0.04390.15-0.2639-0.02180.4559-0.0782-0.07520.54480.10180.391418.9849-20.6029-32.6721
71.5715-0.1331-0.381.3404-0.3211.80330.2526-0.7221-0.4290.3823-0.1445-0.14540.0332-0.1341-0.15070.446-0.1361-0.04920.59750.14770.449513.766-26.5073-32.8331
85.03281.4764-0.03991.4296-0.70370.84220.2781-0.91050.34660.3573-0.25810.0432-0.139-0.3182-0.02420.4579-0.05330.01040.6199-0.02870.36229.6022-11.2681-34.1541
91.4355-0.10150.48422.14720.18452.31710.0638-0.5666-0.12820.3106-0.06270.18790.2213-0.47050.00810.3347-0.06010.00830.58390.00190.3992-5.8796-20.919-45.7888
101.12530.15340.58330.65480.11140.89750.1051-0.0522-0.19730.0357-0.0593-0.06910.1171-0.1026-0.05550.30450.0055-0.01020.29850.00350.376313.683-21.2255-59.8694
110.8872-0.08110.59031.11610.49313.53220.037-0.0832-0.02660.0006-0.0042-0.148-0.08560.2056-0.0240.2971-0.0013-0.01470.30590.01920.344325.8771-9.3565-55.7502
121.54360.18780.52650.71940.71331.58310.0042-0.1166-0.01340.15590.0384-0.29410.12920.2811-0.04640.36620.0146-0.04260.3840.05660.380634.2574-13.2039-45.4426
134.4794-1.73234.3771.2345-2.37875.3999-0.3377-0.7219-0.02090.3910.27350.1502-0.1484-0.53650.06640.44540.0480.06050.4592-0.00960.3333-27.7898-20.20531.3507
140.5071-0.09170.21190.33260.18690.98740.01310.0406-0.08510.03270.02360.01650.14430.0285-0.03140.2823-0.0134-0.00270.25050.00550.3133-21.2852-32.77981.9673
151.09320.01890.32190.80270.18420.96330.04750.0661-0.08470.0332-0.0094-0.03480.1480.0939-0.04040.2940.004100.29680.00150.2794-16.3314-31.4918-2.5589
166.1711-0.4075-4.98750.91121.57066.2153-0.1934-0.7369-0.09040.42150.0861-0.2312-0.02550.41180.09760.46150.0851-0.07860.38790.00380.3229-22.72411.906431.1156
170.6575-0.0949-0.08370.616-0.00990.7786-0.01370.03960.0576-0.00390.0172-0.0131-0.12140.0118-0.00920.3163-0.00710.00310.26690.00440.3242-27.743211.8715.6069
180.9980.0389-0.16641.0335-0.25850.8259-0.00420.19310.149-0.1759-0.0066-0.057-0.1752-0.00670.01120.4033-0.01570.01460.3420.01740.3238-26.472614.216-8.8786
191.3487-0.32870.11872.36590.05951.51010.03330.1820.1496-0.1657-0.06250.3197-0.238-0.25040.01490.34240.0333-0.01330.37270.01070.3581-48.376114.21230.866
202.87551.5371-0.31952.9815-0.74040.9755-0.24290.198-0.4194-0.24980.0856-0.42530.4630.13950.15710.48460.05270.09880.3876-0.03490.470446.51176.2237-75.8541
210.84280.3933-0.10040.6950.14260.8105-0.0422-0.0476-0.15550.0129-0.0241-0.14550.13390.14780.05570.32680.03320.0050.3330.03430.349444.592312.4632-61.4249
223.02191.59580.32471.94210.86791.6105-0.13460.0971-0.0313-0.23780.1056-0.1581-0.09460.17060.02990.2930.03560.0230.32610.05080.313248.154520.6044-67.1556
230.85270.1126-0.36430.42840.07090.5783-0.0032-0.23430.010.135-0.0019-0.0086-0.02420.2033-0.00020.33340.0143-0.02310.36930.01620.318537.754430.2321-41.4609
242.18790.3583-0.36571.7769-0.05572.2130.0402-0.4858-0.01020.2546-0.0173-0.05540.1180.2992-0.02910.3817-0.0098-0.05960.46590.00320.328840.723330.5942-31.036
251.46460.1632-0.27160.5925-0.18730.79560.0257-0.13850.0890.0386-0.0238-0.1092-0.05080.23080.00240.3026-0.0113-0.01880.33530.00050.339745.57434.0293-52.1626
260.97170.3629-1.35111.6355-0.70432.4709-0.0461-0.0269-0.10060.10270.03550.08810.0386-0.12-0.00740.30440.0139-0.01010.28260.01190.320525.375521.0728-50.1404
274.74292.9219-2.72794.7818-3.78633.85270.0393-0.09040.0466-0.14490.06360.54990.0209-0.1311-0.1050.33440.0047-0.02560.3354-0.03970.370816.03128.0449-45.1675
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332.68660.18180.88481.58871.77044.69370.00310.0328-0.06120.0014-0.04090.23040.2531-0.85870.03420.335-0.052-0.00790.36620.04440.3905-14.9184-55.798233.0031
342.8281-1.27741.50991.9875-0.79813.0923-0.21390.35220.452-0.42310.1334-0.1141-0.39150.28260.12310.495-0.1024-0.03520.34590.05860.43089.5135-0.9529-95.2149
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361.49110.16090.13221.1618-0.25540.6562-0.16220.14060.0459-0.14190.1118-0.0124-0.01340.06650.04030.3699-0.02-0.01610.3177-0.00830.29785.1494-17.7337-95.8784
372.1033-0.72590.64971.2154-0.39340.4746-0.2114-0.0580.11280.10420.0692-0.0707-0.09360.04860.14650.3284-0.0287-0.0250.306-0.04290.346910.6175-15.6682-86.9119
380.61590.5112-0.01260.7210.47290.7197-0.0734-0.0346-0.0755-0.04930.0756-0.0618-0.02790.09570.00820.28890.01990.00420.29270.00280.3133.8493-31.1141-85.3298
391.7182-0.1913-0.09080.5914-0.0120.4904-0.0390.1282-0.3237-0.1090.0557-0.06820.1394-0.0109-0.02270.3845-0.01470.03740.2922-0.02730.3957-3.0981-53.9146-93.9209
405.02930.20091.92261.4856-0.13861.2121-0.09380.5321-0.1259-0.38610.1211-0.14020.02320.2018-0.04050.4569-0.03920.06060.3715-0.06420.36134.0788-45.6888-102.5013
411.15750.50670.13491.2421-0.13031.5363-0.06440.0048-0.27560.01280.0975-0.26140.18810.2132-0.02260.33370.05040.00150.363-0.05560.481819.5974-42.4204-88.1076
421.07210.07610.26531.27220.48440.7544-0.0466-0.1024-0.04690.01070.0326-0.06790.0320.04390.00620.30780.02030.00010.30380.00860.2870.1436-31.062-79.2126
430.92551.11450.56481.68311.40792.5319-0.01730.05760.0511-0.118-0.12110.2063-0.0653-0.29850.12880.34370.0071-0.00520.29750.02130.3147-12.2466-27.2057-91.5028
443.2538-0.1381.49812.15871.18233.210.0096-0.0891-0.1609-0.18010.01540.3923-0.031-0.7256-0.02920.3486-0.0342-0.02210.3240.03750.3706-20.6677-37.7254-94.5025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 110 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 271 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 272 through 333 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 334 through 382 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 383 through 414 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 415 through 453 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 454 through 523 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 524 through 560 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 561 through 603 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 43 through 76 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 77 through 382 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 383 through 603 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 43 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 77 through 333 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 334 through 523 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 524 through 603 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 43 through 76 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 77 through 177 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 178 through 217 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 218 through 333 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 334 through 414 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 415 through 523 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 524 through 572 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 573 through 603 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 43 through 76 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 77 through 148 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 149 through 212 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 213 through 523 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 524 through 560 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 561 through 603 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 43 through 76 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 77 through 110 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 111 through 177 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 178 through 217 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 218 through 271 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 272 through 382 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 383 through 414 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 415 through 452 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 453 through 523 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 524 through 560 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 561 through 603 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る