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万見
- PDB-6qem: E. coli DnaBC complex bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qem
タイトルE. coli DnaBC complex bound to ssDNA
要素
  • DNA replication protein DnaCDNA複製
  • Replicative DNA helicase
  • ssDNAデオキシリボ核酸
キーワードREPLICATION (DNA複製) / Helicase (ヘリカーゼ) / helicase loader / AAA+ / RecA
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DNA helicase complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / primosome complex / replisome / DNA replication, synthesis of primer / DNA strand elongation involved in DNA replication ...DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DNA helicase complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / primosome complex / replisome / DNA replication, synthesis of primer / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA duplex unwinding / response to ionizing radiation / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation / DNA helicase activity / helicase activity / ヘリカーゼ / DNA複製 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA replication protein DnaC/insertion sequence putative ATP-binding protein / IstB-like ATP-binding protein / IstB-like ATP binding protein / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal ...DNA replication protein DnaC/insertion sequence putative ATP-binding protein / IstB-like ATP-binding protein / IstB-like ATP binding protein / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Replicative DNA helicase / DNA replication protein DnaC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Arias-Palomo, E. / Puri, N. / O'Shea Murray, V.L. / Yan, Q. / Berger, J.M.
資金援助 米国, スペイン, 3件
組織認可番号国
R37-071747 米国
BFU2017-89143-P スペイン
RYC-2015-19059 スペイン
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Physical Basis for the Loading of a Bacterial Replicative Helicase onto DNA.
著者: Ernesto Arias-Palomo / Neha Puri / Valerie L O'Shea Murray / Qianyun Yan / James M Berger /
要旨: In cells, dedicated AAA+ ATPases deposit hexameric, ring-shaped helicases onto DNA to initiate chromosomal replication. To better understand the mechanisms by which helicase loading can occur, we ...In cells, dedicated AAA+ ATPases deposit hexameric, ring-shaped helicases onto DNA to initiate chromosomal replication. To better understand the mechanisms by which helicase loading can occur, we used cryo-EM to determine sub-4-Å-resolution structures of the E. coli DnaB⋅DnaC helicase⋅loader complex with nucleotide in pre- and post-DNA engagement states. In the absence of DNA, six DnaC protomers latch onto and crack open a DnaB hexamer using an extended N-terminal domain, stabilizing this conformation through nucleotide-dependent ATPase interactions. Upon binding DNA, DnaC hydrolyzes ATP, allowing DnaB to isomerize into a topologically closed, pre-translocation state competent to bind primase. Our data show how DnaC opens the DnaB ring and represses the helicase prior to DNA binding and how DnaC ATPase activity is reciprocally regulated by DnaB and DNA. Comparative analyses reveal how the helicase loading mechanism of DnaC parallels and diverges from homologous AAA+ systems involved in DNA replication and transposition.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年12月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_range
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4538
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
E: Replicative DNA helicase
F: Replicative DNA helicase
G: DNA replication protein DnaC
H: DNA replication protein DnaC
I: DNA replication protein DnaC
J: DNA replication protein DnaC
K: DNA replication protein DnaC
L: DNA replication protein DnaC
M: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,59629
ポリマ－493,45113
非ポリマー5,14616
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area75480 Å2
ΔGint-409 kcal/mol
Surface area174470 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Replicative DNA helicase


分子量: 52450.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaB, groP, grpA, b4052, JW4012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACB0, ヘリカーゼ
#2: タンパク質
DNA replication protein DnaC / DNA複製


分子量: 27973.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaC, dnaD, b4361, JW4325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEF0, ヘリカーゼ

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DNA鎖 , 1種, 1分子 M

#3: DNA鎖 ssDNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10905.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物
ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1E. coli DnaBC complex bound to ssDNACOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2DnaBCCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3ssDNAデオキシリボ核酸COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量値: 0.49 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grids were pre-treated with poly-lys / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5RELION2.1CTF補正
10PHENIX1.13モデル精密化
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
13RELION2.1分類
14RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 473888
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229097 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009666399
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0537120027
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0555092
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0059827
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.259426314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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