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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qdv | |||||||||
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タイトル | Human post-catalytic P complex spliceosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / RNA (リボ核酸) / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 second spliceosomal transesterification activity / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / spliceosomal complex disassembly / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / pre-mRNA 3'-splice site binding / snRNP binding ...second spliceosomal transesterification activity / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / spliceosomal complex disassembly / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / pre-mRNA 3'-splice site binding / snRNP binding / granulocyte differentiation / U2 snRNP binding / post-mRNA release spliceosomal complex / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / U7 snRNP / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / histone pre-mRNA 3'end processing complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome / renal system process / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / negative regulation of interleukin-8 production / regulation of mRNA processing / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / Deadenylation of mRNA / embryonic brain development / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / negative regulation of phosphorylation / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pre-mRNA binding / negative regulation of interferon-beta production / nuclear retinoic acid receptor binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / Prp19 complex / poly(A) binding / positive regulation of androgen receptor activity / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / P granule / RNA stem-loop binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / SMN-Sm protein complex / mRNA 3'-end processing / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / embryonic cranial skeleton morphogenesis / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / positive regulation by host of viral transcription / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / U2 snRNP / Notch binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / U1 snRNP / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / U2-type prespliceosome / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / exploration behavior / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of neurogenesis / lipid biosynthetic process / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / hematopoietic stem cell proliferation / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Fica, S.M. / Oubridge, C. / Wilkinson, M.E. / Newman, A.J. / Nagai, K. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: A human postcatalytic spliceosome structure reveals essential roles of metazoan factors for exon ligation. 著者: Sebastian M Fica / Chris Oubridge / Max E Wilkinson / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai / 要旨: During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a ...During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a conformation stabilized by Prp18 and Prp8. Here we present the 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of a human postcatalytic spliceosome just after exon ligation. The 3'SS docks at the active site through conserved RNA interactions in the absence of Prp18. Unexpectedly, the metazoan-specific FAM32A directly bridges the 5'-exon and intron 3'SS of pre-mRNA and promotes exon ligation, as shown by functional assays. CACTIN, SDE2, and NKAP-factors implicated in alternative splicing-further stabilize the catalytic conformation of the spliceosome during exon ligation. Together these four proteins act as exon ligation factors. Our study reveals how the human spliceosome has co-opted additional proteins to modulate a conserved RNA-based mechanism for 3'SS selection and to potentially fine-tune alternative splicing at the exon ligation stage. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6qdv.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDBx/mmJSON形式 | 6qdv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/6qdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/6qdv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4525MC 4526C 4527C 4528C 4529C 4530C 4532C 4533C 4534C 4535C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 256EI
#1: RNA鎖 | 分子量: 60459.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36515 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#11: RNA鎖 | 分子量: 4437.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス) |
#15: RNA鎖 | 分子量: 27772.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス) |
-タンパク質 , 18種, 19分子 789ACDFGJKLOPSUVbki
#4: タンパク質 | 分子量: 44691.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38919, ヘリカーゼ | ||
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#5: タンパク質 | 分子量: 10370.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5S9 | ||
#6: タンパク質 | 分子量: 16929.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A72 | ||
#7: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9 | ||
#9: タンパク質 | 分子量: 101231.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029 | ||
#10: タンパク質 | 分子量: 14476.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H875 | ||
#12: タンパク質 | 分子量: 15210.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUQ7 | ||
#13: タンパク質 | 分子量: 7269.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y421 | ||
#16: タンパク質 | 分子量: 35782.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660 | ||
#17: タンパク質 | 分子量: 33819.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573 | ||
#18: タンパク質 | 分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223 | ||
#21: タンパク質 | 分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459 | ||
#22: タンパク質 | 分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013 | ||
#24: タンパク質 | 分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0 | ||
#26: タンパク質 | 分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, ヘリカーゼ | ||
#27: タンパク質 | 分子量: 139522.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX8, DDX8 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q14562, ヘリカーゼ | ||
#31: タンパク質 | 分子量: 9551.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678 #38: タンパク質 | | 分子量: 18055.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, プロリルイソメラーゼ |
-U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 BN
#8: タンパク質 | 分子量: 197053.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, ヘリカーゼ |
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#20: タンパク質 | 分子量: 34092.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7 |
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 6種, 6分子 HMTcsy
#14: タンパク質 | 分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8 |
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#19: タンパク質 | 分子量: 33156.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64 |
#25: タンパク質 | 分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7 |
#32: タンパク質 | 分子量: 68510.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95391 |
#41: タンパク質 | 分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934 |
#43: タンパク質 | 分子量: 17302.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926 |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 RZz
#23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2767.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35 |
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#30: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3321.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5F7 |
#44: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4036.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IQ49 |
-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY
#28: タンパク質 | 分子量: 18697.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661 |
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#29: タンパク質 | 分子量: 10688.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dnepfqgrhljm
#33: タンパク質 | 分子量: 9460.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318 #34: タンパク質 | 分子量: 9582.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304 #35: タンパク質 | 分子量: 8038.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306 #36: タンパク質 | 分子量: 8160.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308 #37: タンパク質 | 分子量: 9086.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314 #39: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316 |
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-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 otuvw
#40: タンパク質 | 分子量: 59116.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508 |
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#42: タンパク質 | 分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-非ポリマー , 6種, 18分子
#45: 化合物 | ChemComp-MG / #46: 化合物 | ChemComp-K / | #47: 化合物 | ChemComp-ATP / | #48: 化合物 | ChemComp-GTP / | #49: 化合物 | ChemComp-ZN / #50: 化合物 | ChemComp-IHP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 3.0 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 135000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6200 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103860 / 対称性のタイプ: POINT |