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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q95 | |||||||||
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タイトル | Structure of tmRNA SmpB bound in A site of T. thermophilus 70S ribosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / tmRNA SmpB trans-translation translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TmRNA / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...TmRNA / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Rae, C.D. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: How a circularized tmRNA moves through the ribosome. 著者: Christopher D Rae / Yuliya Gordiyenko / V Ramakrishnan / 要旨: During trans-translation, transfer-messenger RNA (tmRNA) and small protein B (SmpB) together rescue ribosomes stalled on a truncated mRNA and tag the nascent polypeptide for degradation. We used cryo- ...During trans-translation, transfer-messenger RNA (tmRNA) and small protein B (SmpB) together rescue ribosomes stalled on a truncated mRNA and tag the nascent polypeptide for degradation. We used cryo-electron microscopy to determine the structures of three key states of the tmRNA-SmpB-ribosome complex during trans translation at resolutions of 3.7 to 4.4 angstroms. The results show how tmRNA and SmpB act specifically on stalled ribosomes and how the circularized complex moves through the ribosome, enabling translation to switch from the old defective message to the reading frame on tmRNA. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6q95.cif.gz | 3.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q95.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6q95.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q95 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 7種, 7分子 2789134
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 24816.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 24400.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#24: RNA鎖 | 分子量: 1853.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#34: RNA鎖 | 分子量: 947935.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) |
#35: RNA鎖 | 分子量: 38553.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 |
#60: RNA鎖 | 分子量: 112818.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ghijklmnopqrstuvwxyz
#2: タンパク質 | 分子量: 27116.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80371 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 22975.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80372 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 16460.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P0DOY9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14298.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80374 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11398.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#11: タンパク質 | 分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80376 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13875.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13623.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80377 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P0DOY6 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9995.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11880.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P0DOY7 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8155.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9006.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#20: タンパク質 | 分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80380 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3089.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SIH3 |
+50S ribosomal protein ... , 31種, 32分子 WXYZabcdeABCDEFGJKLMNOPQRSTUVfHI
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 56
#56: タンパク質 | 分子量: 16785.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: smpB, TTHA0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RR57 |
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#57: タンパク質・ペプチド | 分子量: 220.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 2種, 640分子
#61: 化合物 | ChemComp-MG / #62: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24400 / 対称性のタイプ: POINT |