+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q5o | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel four-helix coiled coil CC-Hex*-LL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | CC-Hex*キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / coiled coil (コイルドコイル) / tetramer (四量体) / synthetic / antiparallel / cc-hex | 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å | データ登録者 | Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | 資金援助 | 英国, ベルギー, 5件 |
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019 | タイトル: Navigating the Structural Landscape of De Novo alpha-Helical Bundles. 著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Zaccai, N.R. / Burton, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q5o.cif.gz | 25 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6q5o.ent.gz | 18.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6q5o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5o | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3235.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.88 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.6 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 50 mM Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.77999 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.77999 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1→27.56 Å / Num. obs: 13041 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.5 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1→27.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.873 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.543 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1→27.56 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|