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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ppd | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 penton vertex register, CATC-absent structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / capsid (カプシド) / tegument / vertex / complex / VIRUS (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / カプシド / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Gong, D. / Dai, X. / Jih, J. / Liu, Y.T. / Bi, G.Q. / Sun, R. / Zhou, Z.H. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 14件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV. 著者: Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou / 要旨: Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ppd.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ppd.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ppd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/6ppd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/6ppd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18597.824 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 株: GK18 / 参照: UniProt: Q76RF4, UniProt: Q2HR63*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 153574.188 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 株: GK18 / 参照: UniProt: D0UZN7, UniProt: Q2HRA7*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 36374.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 株: GK18 / 参照: UniProt: Q76RF6, UniProt: F5H8Y5*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 34278.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 株: GK18 / 参照: UniProt: C7E5A9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human gammaherpesvirus 8Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 株: BAC16 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: Capsidカプシド / 直径: 1250 nm / 三角数 (T数): 16 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 14000 X / 倍率(補正後): 24271 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 79 K |
撮影 | 平均露光時間: 13 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 8007 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 2.5 µm / 横: 1440 / 縦: 1440 / 動画フレーム数/画像: 26 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 44328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1521505 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 177.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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