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- PDB-6pcl: Crystal structure of human diphosphoinositol polyphosphate phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pcl
タイトルCrystal structure of human diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 in complex with 5-IP7
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / inositol pyrophosphate / inositol phosphate (イノシトールリン酸) / kinase (キナーゼ) / phosphatase (ホスファターゼ) / PPIP5K / cell polarity / osmotic response
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity ...diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / RNA decapping / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I7P / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Dollins, D.E. / Neubauer, J. / Dong, J. / York, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Vip1 is a kinase and pyrophosphatase switch that regulates inositol diphosphate signaling.
著者: Dollins, D.E. / Bai, W. / Fridy, P.C. / Otto, J.C. / Neubauer, J.L. / Gattis, S.G. / Mehta, K.P.M. / York, J.D.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9997
ポリマ－17,1151
非ポリマー8846
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.560, 59.576, 62.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3


分子量: 17115.367 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-I7P / (1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / 1D-myo-inositol 5-diphosphate 1,2,3,4,6-pentakisphosphate / D-myo-イノシト-ル1,2,3,4,6-ペンタキスりん酸5-二りん酸


分子量: 740.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H19O27P7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 12 - 18% PEG 8000, 150 - 300 mM LiSO4, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→27.6 Å / Num. obs: 40069 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 12.5 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 58.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 1363 / Rsym value: 0.365

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.4_6)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q9P

2q9p


解像度: 1.3→27.6 Å / SU ML: 0.84 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 13.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1609 1935 5.03 %
Rwork0.1429 --
obs0.1437 38468 89.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 60.252 Å2 / ksol: 0.455 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2976 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.399 Å20 Å2
3----2.8986 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 45 162 1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3741708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.849514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2957-1.3420.19191160.1782217X-RAY DIFFRACTION55
1.342-1.39570.19991580.15752975X-RAY DIFFRACTION74
1.3957-1.45920.16551910.14813364X-RAY DIFFRACTION83
1.4592-1.53610.15971870.13093678X-RAY DIFFRACTION92
1.5361-1.63240.14662200.12323898X-RAY DIFFRACTION96
1.6324-1.75840.14792000.12643963X-RAY DIFFRACTION98
1.7584-1.93530.14312230.12373973X-RAY DIFFRACTION98
1.9353-2.21520.14372110.11944085X-RAY DIFFRACTION100
2.2152-2.79050.14912360.13184094X-RAY DIFFRACTION100
2.7905-27.63080.17341930.15714286X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.233-0.02450.24770.77870.0670.6883-0.01750.03880.02430.1231-0.00750.0388-0.02030.0292-0.00770.08590.0079-0.02120.1211-0.00070.11324.38494.7717.4701
20.7408-0.43580.35540.99780.03861.2212-0.0111-0.00620.10530.05620.0374-0.1807-0.08560.169-0.01620.09340.0045-0.00920.1189-0.00520.12448.43759.750216.7565
30.2301-0.40380.07921.20350.05990.9271-0.0178-0.01250.08940.01140.0328-0.123-0.04370.1091-0.01570.0695-0.0051-0.00130.1022-0.00180.13925.22110.166715.5825
40.7423-0.6257-0.03760.92290.20690.35260.08310.1333-0.1014-0.2299-0.07350.0816-0.0491-0.02140.00540.13220.0203-0.00780.1451-0.00520.09973.23132.73074.379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:33)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 34:73)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 74:117)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 118:142)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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