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- PDB-6oxl: CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oxl
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA
要素
  • (AP-2 complex subunit ...) x 4
  • Adaptin ear-binding coat-associated protein 2
  • Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / AP2 / NECAP2 PROTEIN / CYTOPLASMIC VESICLE / LIPID-BINDING / ADAPTOR / MEMBRANE (生体膜) / TRANSPORT / PHOSPHORYLATION (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin vesicle coat / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling ...Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin vesicle coat / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin coat / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / MHC class II antigen presentation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / protein serine/threonine kinase binding / neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of protein localization to membrane / coronary vasculature development / signal sequence binding / negative regulation of protein localization to plasma membrane / low-density lipoprotein particle receptor binding / aorta development / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / ventricular septum development / clathrin binding / positive regulation of endocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / クラスリン / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / 分泌 / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / receptor internalization / kinase binding / エンドサイトーシス / disordered domain specific binding / シナプス小胞 / protein transport / heart development / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein-containing complex assembly / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ミトコンドリア / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NECAP, PHear domain / Protein of unknown function (DUF1681) / Beta-Lactamase - #60 / Mu homology domain, subdomain B / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal ...NECAP, PHear domain / Protein of unknown function (DUF1681) / Beta-Lactamase - #60 / Mu homology domain, subdomain B / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Β-ラクタマーゼ / Armadillo-like helical / Αソレノイド / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2 / AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit mu / Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Partlow, E.A. / Baker, R.W. / Beacham, G.M. / Chappie, J. / Leschziner, A.E. / Hollopeter, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM127548-01A1 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: A structural mechanism for phosphorylation-dependent inactivation of the AP2 complex.
著者: Edward A Partlow / Richard W Baker / Gwendolyn M Beacham / Joshua S Chappie / Andres E Leschziner / Gunther Hollopeter /
要旨: Endocytosis of transmembrane proteins is orchestrated by the AP2 clathrin adaptor complex. AP2 dwells in a closed, inactive state in the cytosol, but adopts an open, active conformation on the plasma ...Endocytosis of transmembrane proteins is orchestrated by the AP2 clathrin adaptor complex. AP2 dwells in a closed, inactive state in the cytosol, but adopts an open, active conformation on the plasma membrane. Membrane-activated complexes are also phosphorylated, but the significance of this mark is debated. We recently proposed that NECAP negatively regulates AP2 by binding open and phosphorylated complexes (Beacham et al., 2018). Here, we report high-resolution cryo-EM structures of NECAP bound to phosphorylated AP2. The site of AP2 phosphorylation is directly coordinated by residues of the NECAP PHear domain that are predicted from genetic screens in . Using membrane mimetics to generate conformationally open AP2, we find that a second domain of NECAP binds these complexes and cryo-EM reveals both domains of NECAP engaging closed, inactive AP2. Assays in vitro and in vivo confirm these domains cooperate to inactivate AP2. We propose that phosphorylation marks adaptors for inactivation.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20220
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit alpha-2
B: AP-2 complex subunit beta
M: AP-2 complex subunit mu
S: AP-2 complex subunit sigma
N: Adaptin ear-binding coat-associated protein 2
n: Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,6996
ポリマ－232,6996
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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AP-2 complex subunit ... , 4種, 4分子 ABMS

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit alpha-2


分子量: 69656.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2a2, Adtab / プラスミド: PACYC_DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17427*PLUS
#2: タンパク質 AP-2 complex subunit beta / AP105B / Adaptor protein complex AP-2 subunit beta / Adaptor-related protein complex 2 subunit beta ...AP105B / Adaptor protein complex AP-2 subunit beta / Adaptor-related protein complex 2 subunit beta / Beta-2-adaptin / Beta-adaptin / Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit


分子量: 66953.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2b1, Clapb1 / プラスミド: PET_DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DBG3
#3: タンパク質 AP-2 complex subunit mu / AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit ...AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit mu / Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain / Clathrin coat assembly protein AP50 / Clathrin coat-associated protein AP50 / Mu2-adaptin / Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein


分子量: 49806.688 Da / 分子数: 1 / Mutation: E302K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2m1, Clapm1 / プラスミド: PET_DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84091
#4: タンパク質 AP-2 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-2 subunit sigma / Adaptor-related protein complex 2 subunit sigma / ...Adaptor protein complex AP-2 subunit sigma / Adaptor-related protein complex 2 subunit sigma / Clathrin assembly protein 2 sigma small chain / Clathrin coat assembly protein AP17 / Clathrin coat-associated protein AP17 / Plasma membrane adaptor AP-2 17 kDa protein / Sigma-adaptin 3b / Sigma2-adaptin


分子量: 17038.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2s1, Ap17, Claps2 / プラスミド: PACYC_DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62744

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Nn

#5: タンパク質 Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 / NECAP endocytosis-associated protein 2 / NECAP-2


分子量: 28629.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Necap2 / プラスミド: PET-21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D1J1
#6: タンパク質・ペプチド Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET21-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phosphorylated AP2-NECAP (mu E302K) co-complex in the presence of ss DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Contains an E302K mutation in the mu subunit of AP2.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: 4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
5GctfCTF補正
6RELIONCTF補正
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
15Rosettaモデル精密化
16PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324922 / 詳細: Non-Uniform refinement in cryoSPARC v2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: STARTING MODEL WAS GENERATED BY DOCKING PDB ENTRIES 2VGL AND 1TQZ INTO CRYO-EM DENSITY AND MANUALLY EDITING SEQUENCE AND STRUCTURAL CHANGES. MODEL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ROSETTA AND ...詳細: STARTING MODEL WAS GENERATED BY DOCKING PDB ENTRIES 2VGL AND 1TQZ INTO CRYO-EM DENSITY AND MANUALLY EDITING SEQUENCE AND STRUCTURAL CHANGES. MODEL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ROSETTA AND PHENIX.REAL_SPACE_REFINE
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
12VGL

2vgl

1
21TQZ

1tqz

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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