[日本語] English
万見
- PDB-6oik: Muscarinic acetylcholine receptor 2-Go complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oik
タイトルMuscarinic acetylcholine receptor 2-Go complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Antibody fragment
  • Muscarinic acetylcholine receptor M2,Muscarinic acetylcholine receptor M2
キーワードSIGNALING PROTEIN / G-protein coupled receptor-G-protein complex / neurotransmitter receptor (神経伝達物質受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G protein-coupled serotonin receptor activity ...Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / dopamine receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / G protein-coupled serotonin receptor binding / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / muscle contraction / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / response to virus / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / G alpha (12/13) signalling events / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / retina development in camera-type eye / GTPase binding / presynaptic membrane / Clathrin-mediated endocytosis / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / nervous system development / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / chemical synaptic transmission / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / GTP binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Few Secondary Structures / イレギュラー / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 抗体 / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CU / Chem-IXO / Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Maeda, S. / Qianhui, Q. / Skiniotis, G. / Kobilka, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083118 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structures of the M1 and M2 muscarinic acetylcholine receptor/G-protein complexes.
著者: Shoji Maeda / Qianhui Qu / Michael J Robertson / Georgios Skiniotis / Brian K Kobilka /
要旨: Muscarinic acetylcholine receptors are G protein-coupled receptors that respond to acetylcholine and play important signaling roles in the nervous system. There are five muscarinic receptor subtypes ...Muscarinic acetylcholine receptors are G protein-coupled receptors that respond to acetylcholine and play important signaling roles in the nervous system. There are five muscarinic receptor subtypes (M1R to M5R), which, despite sharing a high degree of sequence identity in the transmembrane region, couple to different heterotrimeric GTP-binding proteins (G proteins) to transmit signals. M1R, M3R, and M5R couple to the G family, whereas M2R and M4R couple to the G family. Here, we present and compare the cryo-electron microscopy structures of M1R in complex with G and M2R in complex with G The M1R-G complex exhibits distinct features, including an extended transmembrane helix 5 and carboxyl-terminal receptor tail that interacts with G protein. Detailed analysis of these structures provides a framework for understanding the molecular determinants of G-protein coupling selectivity.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20079
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: Muscarinic acetylcholine receptor M2,Muscarinic acetylcholine receptor M2
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
H: Antibody fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,3997
ポリマ－152,7645
非ポリマー6352
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9700 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area47980 Å2

-
要素

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 40104.551 Da / 分子数: 1 / 変異: E9D, R10K, L13V, A18M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAO1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09471
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37728.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 RH

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M2,Muscarinic acetylcholine receptor M2


分子量: 39729.910 Da / 分子数: 1 / 変異: N8A, N11D, N14D,N11D, N14D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRM2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08172
#5: 抗体 Antibody fragment /


分子量: 27340.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-IXO / 4-(4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yloxy)-N,N,N-trimethylbut-2-yn-1-aminium / Iperoxo / [4-(2-イソオキサゾリン-3-イルオキシ)-2-ブチニル]トリメチルアミニウム


分子量: 197.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O2
#7: 化合物 ChemComp-2CU / 3-amino-5-chloro-N-cyclopropyl-4-methyl-6-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-2-oxoethoxy]thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamide / LY2119620 positive allosteric modulator of M2/M4 receptor


分子量: 437.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24ClN5O3S

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1muscarinic acetylcholine receptor 2 in complex with heterotrimeric GoA proteinCOMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2Muscarinic acetylcholine receptor M2COMPLEX#11RECOMBINANT
3Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, Antibody fragmentCOMPLEX#2-#51RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 261730 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る