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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ogd | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of YenTcA in its prepore state | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN (毒素) / Membrane protein Pore-forming toxin Complex (生体膜) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 キチナーゼ / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / : / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Yersinia entomophaga (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Piper, S.J. / Brillault, L. / Box, J.K. / Landsberg, M.J. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, ニュージーランド, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures of the pore-forming A subunit from the Yersinia entomophaga ABC toxin. 著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley- ...著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley-Tassell / Thomas Ve / Jason N Busby / Julie E Dalziel / J Shaun Lott / Ben Hankamer / Henning Stahlberg / Mark R H Hurst / Michael J Landsberg / 要旨: ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen ...ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen Yersinia entomophaga. Here we present cryo-EM structures of YenTcA, purified from the native source. The soluble pre-pore structure, determined at an average resolution of 4.4 Å, reveals a pentameric assembly that in contrast to other characterised ABC toxins is formed by two TcA-like proteins (YenA1 and YenA2) and decorated by two endochitinases (Chi1 and Chi2). We also identify conformational changes that accompany membrane pore formation by visualising YenTcA inserted into liposomes. A clear outward rotation of the Chi1 subunits allows for access of the protruding translocation pore to the membrane. Our results highlight structural and functional diversity within the ABC toxin subfamily, explaining how different ABC toxins are capable of recognising diverse hosts. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ogd.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ogd.ent.gz | 1.7 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ogd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 129912.320 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A877 #2: タンパク質 | 分子量: 156324.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A878 #3: タンパク質 | 分子量: 69740.609 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A879, キチナーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-pore form タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.08 MDa |
由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 19713 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9856 / 対称性のタイプ: POINT |