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万見
- PDB-6ofh: Structure of Salmonella type III secretion system needle filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ofh
タイトルStructure of Salmonella type III secretion system needle filament
要素Protein PrgI
キーワードPROTEIN TRANSPORT / type III secretion system / salmonella (サルモネラ) / helical reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / 細胞膜 / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III secretion system apparatus / SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Guo, E.Z. / Galan, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI030492 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019
タイトル: A polymorphic helix of a Salmonella needle protein relays signals defining distinct steps in type III secretion.
著者: Emily Z Guo / Daniel C Desrosiers / Jan Zalesak / James Tolchard / Mélanie Berbon / Birgit Habenstein / Thomas Marlovits / Antoine Loquet / Jorge E Galán /
要旨: Type III protein-secretion machines are essential for the interactions of many pathogenic or symbiotic bacterial species with their respective eukaryotic hosts. The core component of these machines ...Type III protein-secretion machines are essential for the interactions of many pathogenic or symbiotic bacterial species with their respective eukaryotic hosts. The core component of these machines is the injectisome, a multiprotein complex that mediates the selection of substrates, their passage through the bacterial envelope, and ultimately their delivery into eukaryotic target cells. The injectisome is composed of a large cytoplasmic complex or sorting platform, a multiring base embedded in the bacterial envelope, and a needle-like filament that protrudes several nanometers from the bacterial surface and is capped at its distal end by the tip complex. A characteristic feature of these machines is that their activity is stimulated by contact with target host cells. The sensing of target cells, thought to be mediated by the distal tip of the needle filament, generates an activating signal that must be transduced to the secretion machine by the needle filament. Here, through a multidisciplinary approach, including solid-state NMR (SSNMR) and cryo electron microscopy (cryo-EM) analyses, we have identified critical residues of the needle filament protein of a Salmonella Typhimurium type III secretion system that are involved in the regulation of the activity of the secretion machine. We found that mutations in the needle filament protein result in various specific phenotypes associated with different steps in the type III secretion process. More specifically, these studies reveal an important role for a polymorphic helix of the needle filament protein and the residues that line the lumen of its central channel in the control of type III secretion.
履歴
登録2019年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20046
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Protein PrgI
U: Protein PrgI
V: Protein PrgI
E: Protein PrgI
F: Protein PrgI
G: Protein PrgI
H: Protein PrgI
I: Protein PrgI
J: Protein PrgI
K: Protein PrgI
L: Protein PrgI
M: Protein PrgI
N: Protein PrgI
O: Protein PrgI
P: Protein PrgI
Q: Protein PrgI
R: Protein PrgI
S: Protein PrgI
T: Protein PrgI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,43219
ポリマ－168,43219
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area51120 Å2
ΔGint-302 kcal/mol
Surface area65360 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 19 / Rise per n subunits: 4.24 Å / Rotation per n subunits: 63.35 °)

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要素

#1: タンパク質
Protein PrgI / Type III secretion system apparatus


分子量: 8864.868 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 参照: UniProt: A0A0H3NF82, UniProt: P41784*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: filament structure of PrgI needle attached to the base
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 63.35 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.24 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53866 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611837
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62816112
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.2657182
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391843
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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