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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oe1 | ||||||
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タイトル | Benzensulfonamides bearing spyrohydantoin moieties act as potent inhibitors of human carbonic anhydrases II and VII and show neuropathic pain attenuating effects | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / carbonic anhydrase inhibitors / metalloenzymes (金属タンパク質) / organoselenium (有機セレン化合物) / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Peat, T.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Benzensulfonamides bearing spyrohydantoin moieties act as potent inhibitors of human carbonic anhydrases II and VII and show neuropathic pain attenuating effects. 著者: Angeli, A. / Di Cesare Mannelli, L. / Ghelardini, C. / Peat, T.S. / Bartolucci, G. / Menicatti, M. / Carta, F. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oe1.cif.gz | 80.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oe1.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oe1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oe1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oe1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 320分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-M8V / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200 nL 7 mg/mL protein + 200 nL reservoir (50 mM Tris, pH 8.0-8.2, 2.5-2.8 M ammonium sulfate) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→40 Å / Num. obs: 39477 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. unique obs: 1476 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.063 / % possible all: 69.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6C7X 解像度: 1.45→39.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.895 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.234 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.45→39.98 Å
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拘束条件 |
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