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- PDB-6o9m: Structure of the human apo TFIIH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9m
タイトルStructure of the human apo TFIIH
要素
  • (General transcription factor IIH subunit ...) x 5
  • (TFIIH basal transcription factor complex helicase ...) x 2
  • CDK-activating kinase assembly factor MAT1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription initiation (転写 (生物学)) / Molecular dynamics (分子動力学法) / Gene regulation (遺伝子発現の調節) / Community network analysis / Global protein dynamics / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / positive regulation of DNA helicase activity / negative regulation of DNA helicase activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / ventricular system development ...MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / positive regulation of DNA helicase activity / negative regulation of DNA helicase activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / ventricular system development / hair follicle maturation / cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / 紫外線 / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / embryonic cleavage / 5'-3' DNA helicase activity / adult heart development / G protein-coupled receptor internalization / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / 3'-5' DNA helicase activity / 転写開始前複合体 / RNA Polymerase I Transcription Termination / regulation of mitotic cell cycle phase transition / hematopoietic stem cell proliferation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / spinal cord development / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / transcription factor TFIID complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / bone mineralization / erythrocyte maturation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ATPase activator activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA topological change / transcription elongation by RNA polymerase I / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / hematopoietic stem cell differentiation / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase I / embryonic organ development / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / response to UV / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA helicase activity / hormone-mediated signaling pathway / extracellular matrix organization / post-embryonic development / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / transcription elongation by RNA polymerase II / chromosome segregation / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nucleotide-excision repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / multicellular organism growth / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G1/S transition of mitotic cell cycle / Dual Incision in GG-NER / NoRC negatively regulates rRNA expression / protein localization / spindle / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / cellular response to gamma radiation / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / response to calcium ion / Cyclin D associated events in G1 / protein-macromolecule adaptor activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs
類似検索 - 分子機能
TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 ...TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / Helical and beta-bridge domain / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helical and beta-bridge domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / 薬指 / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / General transcription factor IIH subunit 1 / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Yan, C.L. / Dodd, T. / He, Y. / Tainer, J.A. / Tsutakawa, S.E. / Ivanov, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110387 米国
引用ジャーナル: Nature / : 2017
タイトル: The cryo-electron microscopy structure of human transcription factor IIH.
著者: Basil J Greber / Thi Hoang Duong Nguyen / Jie Fang / Pavel V Afonine / Paul D Adams / Eva Nogales /
要旨: Human transcription factor IIH (TFIIH) is part of the general transcriptional machinery required by RNA polymerase II for the initiation of eukaryotic gene transcription. Composed of ten subunits ...Human transcription factor IIH (TFIIH) is part of the general transcriptional machinery required by RNA polymerase II for the initiation of eukaryotic gene transcription. Composed of ten subunits that add up to a molecular mass of about 500 kDa, TFIIH is also essential for nucleotide excision repair. The seven-subunit TFIIH core complex formed by XPB, XPD, p62, p52, p44, p34, and p8 is competent for DNA repair, while the CDK-activating kinase subcomplex, which includes the kinase activity of CDK7 as well as the cyclin H and MAT1 subunits, is additionally required for transcription initiation. Mutations in the TFIIH subunits XPB, XPD, and p8 lead to severe premature ageing and cancer propensity in the genetic diseases xeroderma pigmentosum, Cockayne syndrome, and trichothiodystrophy, highlighting the importance of TFIIH for cellular physiology. Here we present the cryo-electron microscopy structure of human TFIIH at 4.4 Å resolution. The structure reveals the molecular architecture of the TFIIH core complex, the detailed structures of its constituent XPB and XPD ATPases, and how the core and kinase subcomplexes of TFIIH are connected. Additionally, our structure provides insight into the conformational dynamics of TFIIH and the regulation of its activity.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3802
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
1: General transcription factor IIH subunit 1
2: General transcription factor IIH subunit 4, p52
3: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
4: General transcription factor IIH subunit 3
5: General transcription factor IIH subunit 5
6: General transcription factor IIH subunit 2
7: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,36415
ポリマ-413,6208
非ポリマー7447
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, homology
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area41810 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area156200 Å2

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要素

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TFIIH basal transcription factor complex helicase ... , 2種, 2分子 07

#1: タンパク質 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision repair protein ERCC-2 ...Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision repair protein ERCC-2 / DNA repair protein complementing XP-D cells / TFIIH basal transcription factor complex 80 kDa subunit / TFIIH p80 / Xeroderma pigmentosum group D-complementing protein


分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18074, ヘリカーゼ
#8: タンパク質 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit / Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair protein ERCC-3 / DNA ...Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair protein ERCC-3 / DNA repair protein complementing XP-B cells / TFIIH basal transcription factor complex 89 kDa subunit / TFIIH p89 / Xeroderma pigmentosum group B-complementing protein


分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19447, ヘリカーゼ

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General transcription factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 12456

#2: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 1 / Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH polypeptide 1 / TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit


分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32780
#3: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 4, p52 / Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH polypeptide 4 / TFIIH basal transcription factor complex p52 subunit


分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92759
#5: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 3 / p34 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH ...p34 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH polypeptide 2 / TFIIH basal transcription factor complex p44 subunit


分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13889
#6: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor ...General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit


分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZYL4
#7: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 2 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH polypeptide 2 / TFIIH basal transcription factor complex p44 subunit


分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13888

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タンパク質 , 1種, 1分子 3

#4: タンパク質 CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger ...CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger protein 66 / RING finger protein MAT1 / p35 / p36


分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51948

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非ポリマー , 2種, 7分子

#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4
#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: apo TFIIH / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
7NAMD2.12モデルフィッティングMolecular dynamics flexible fitting
8UCSF Chimera1.12モデルフィッティングRigid body fit
20Coot0.8.9.1モデル精密化model building and refinement
21PHENIX1.14モデル精密化real-space refinement
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 粒子像の数: 122900 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Initial model assembled from high-resolution structures and homology models, subsequently rebuilt in COOT, refined into the Cryo-EM map using Phenix and fully validated.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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