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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o9j | |||||||||||||||
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タイトル | 70S Elongation Competent Ribosome | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / 70S P/P-tRNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / : / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Frank, J. / Gonzalez Jr., R.L. / Kaledhonkar, S. / Fu, Z. / Caban, K. / Li, W. / Chen, B. / Sun, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Late steps in bacterial translation initiation visualized using time-resolved cryo-EM. 著者: Sandip Kaledhonkar / Ziao Fu / Kelvin Caban / Wen Li / Bo Chen / Ming Sun / Ruben L Gonzalez / Joachim Frank / 要旨: The initiation of bacterial translation involves the tightly regulated joining of the 50S ribosomal subunit to an initiator transfer RNA (fMet-tRNA)-containing 30S ribosomal initiation complex to ...The initiation of bacterial translation involves the tightly regulated joining of the 50S ribosomal subunit to an initiator transfer RNA (fMet-tRNA)-containing 30S ribosomal initiation complex to form a 70S initiation complex, which subsequently matures into a 70S elongation-competent complex. Rapid and accurate formation of the 70S initiation complex is promoted by initiation factors, which must dissociate from the 30S initiation complex before the resulting 70S elongation-competent complex can begin the elongation of translation. Although comparisons of the structures of the 30S and 70S initiation complexes have revealed that the ribosome, initiation factors and fMet-tRNA can acquire different conformations in these complexes, the timing of conformational changes during formation of the 70S initiation complex, the structures of any intermediates formed during these rearrangements, and the contributions that these dynamics might make to the mechanism and regulation of initiation remain unknown. Moreover, the absence of a structure of the 70S elongation-competent complex formed via an initiation-factor-catalysed reaction has precluded an understanding of the rearrangements to the ribosome, initiation factors and fMet-tRNA that occur during maturation of a 70S initiation complex into a 70S elongation-competent complex. Here, using time-resolved cryogenic electron microscopy, we report the near-atomic-resolution view of how a time-ordered series of conformational changes drive and regulate subunit joining, initiation factor dissociation and fMet-tRNA positioning during formation of the 70S elongation-competent complex. Our results demonstrate the power of time-resolved cryogenic electron microscopy to determine how a time-ordered series of conformational changes contribute to the mechanism and regulation of one of the most fundamental processes in biology. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6o9j.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o9j.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6o9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABav
#1: RNA鎖 | 分子量: 37848.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 921273.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#32: RNA鎖 | 分子量: 495927.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#53: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1315725308 |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 VCDEFGHJKLMNOPQRSTUWXYZ123456
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 cdefghijklmnopqrst7u
#33: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376HTV6, UniProt: P0A7V3*PLUS |
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#34: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3PZ69, UniProt: P0A7V8*PLUS |
#35: タンパク質 | 分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6I217, UniProt: P0A7W1*PLUS |
#36: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1CG62, UniProt: P02358*PLUS |
#37: タンパク質 | 分子量: 16764.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5ZT99, UniProt: P02359*PLUS |
#38: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8A1L7, UniProt: P0A7W7*PLUS |
#39: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T9TH92, UniProt: P0A7X3*PLUS |
#40: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7X302, UniProt: P0A7R5*PLUS |
#41: タンパク質 | 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#42: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6FZ95, UniProt: P0A7S3*PLUS |
#43: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3KX08, UniProt: P0A7S9*PLUS |
#44: タンパク質 | 分子量: 11489.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A090BZT4, UniProt: P0AG59*PLUS |
#45: タンパク質 | 分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSQ8, UniProt: P0ADZ4*PLUS |
#46: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7, UniProt: P0A7T3*PLUS |
#47: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080IK26, UniProt: P0AG63*PLUS |
#48: タンパク質 | 分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3BXG0, UniProt: P0A7T7*PLUS |
#49: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4SQ43, UniProt: P0A7U3*PLUS |
#50: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T6N332, UniProt: P0A7U7*PLUS |
#51: タンパク質 | 分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9ZNW8, UniProt: P0A7V0*PLUS |
#52: タンパク質 | 分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K5Z365, UniProt: P68679*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S elongation competent ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46042 / 対称性のタイプ: POINT |