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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o81 | ||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound to translation initiation factor 2 from Homo sapiens | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Translation initiation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / response to kainic acid / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / negative regulation of translational initiation in response to stress ...regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / response to kainic acid / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / negative regulation of translational initiation in response to stress / Recycling of eIF2:GDP / PERK-mediated unfolded protein response / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / PERK regulates gene expression / regulation of translational initiation in response to stress / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / protein-synthesizing GTPase / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / formation of translation preinitiation complex / astrocyte development / eukaryotic 48S preinitiation complex / : / astrocyte differentiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / regulation of translational initiation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / positive regulation of translational initiation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / response to glucose / stress granule assembly / translation initiation factor binding / ovarian follicle development / translational initiation / cellular response to amino acid starvation / 髄鞘 / translation initiation factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / hippocampus development / PKR-mediated signaling / ABC-family proteins mediated transport / response to peptide hormone / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / ribosome binding / regulation of translation / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / response to heat / T cell receptor signaling pathway / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / GTPase activity / シナプス / GTP binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, H. / Kenner, L. / Frost, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: eIF2B-catalyzed nucleotide exchange and phosphoregulation by the integrated stress response. 著者: Lillian R Kenner / Aditya A Anand / Henry C Nguyen / Alexander G Myasnikov / Carolin J Klose / Lea A McGeever / Jordan C Tsai / Lakshmi E Miller-Vedam / Peter Walter / Adam Frost / 要旨: The integrated stress response (ISR) tunes the rate of protein synthesis. Control is exerted by phosphorylation of the general translation initiation factor eIF2. eIF2 is a guanosine triphosphatase ...The integrated stress response (ISR) tunes the rate of protein synthesis. Control is exerted by phosphorylation of the general translation initiation factor eIF2. eIF2 is a guanosine triphosphatase that becomes activated by eIF2B, a two-fold symmetric and heterodecameric complex that functions as eIF2's dedicated nucleotide exchange factor. Phosphorylation converts eIF2 from a substrate into an inhibitor of eIF2B. We report cryo-electron microscopy structures of eIF2 bound to eIF2B in the dephosphorylated state. The structures reveal that the eIF2B decamer is a static platform upon which one or two flexible eIF2 trimers bind and align with eIF2B's bipartite catalytic centers to catalyze nucleotide exchange. Phosphorylation refolds eIF2α, allowing it to contact eIF2B at a different interface and, we surmise, thereby sequestering it into a nonproductive complex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o81.cif.gz | 804.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o81.ent.gz | 624.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o81.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o81 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 5種, 10分子 ABCDEFGHIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 80366.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B5, EIF2BE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13144 #2: タンパク質 | 分子量: 41008.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49770 #3: タンパク質 | 分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B4, EIF2BD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI10 #4: タンパク質 | 分子量: 33754.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B1, EIF2BA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14232 #5: タンパク質 | 分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR50 |
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-Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ... , 2種, 4分子 LMST
#6: タンパク質 | 分子量: 36161.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S1, EIF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05198 #7: タンパク質 | 分子量: 51150.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S3, EIF2G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41091 |
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-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 3分子 de
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #9: 化合物 | ChemComp-C7B / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: eIF2B bound to eIF2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3354: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11640 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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