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- PDB-6o4e: Structure of ALDH7A1 mutant N167S complexed with NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o4e
タイトルStructure of ALDH7A1 mutant N167S complexed with NAD
要素Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDEHYDE DEHYDROGENASE (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / NAD / LYSINE CATABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / sensory perception of sound / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Korasick, D.A. / Laciak, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093123 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical consequences of pyridoxine-dependent epilepsy mutations that target the aldehyde binding site of aldehyde dehydrogenase ALDH7A1.
著者: Laciak, A.R. / Korasick, D.A. / Wyatt, J.W. / Gates, K.S. / Tanner, J.J.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
E: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
F: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
G: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
H: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,01830
ポリマ－444,7478
非ポリマー7,27122
水36,8592046
1
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,96515
ポリマ－222,3734
非ポリマー3,59211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28690 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area58870 Å2
手法PISA
2
E: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
F: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
G: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
H: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,05315
ポリマ－222,3734
非ポリマー3,68011
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28860 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area58030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.920, 161.730, 158.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase / Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine ...Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine aldehyde dehydrogenase / Delta1-piperideine-6-carboxylate dehydrogenase / P6c dehydrogenase / ALDH7A1


分子量: 55593.344 Da / 分子数: 8 / 変異: N167S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH7A1, ATQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49419, L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+), ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 6種, 2068分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2046 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 20% (w/v) PEG 4000, and 0.1 M Tris pH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→56.49 Å / Num. obs: 366672 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 1351824 / Scaling rejects: 612
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.75-1.783.40.464183010.8030.2950.55294.8
9.59-56.493.70.01724130.9990.0110.0298.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4zuk

4zuk


解像度: 1.75→53.087 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 22.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 34878 5.01 %
Rwork0.1679 --
obs0.1695 366672 90.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.05 Å2 / Biso mean: 30.1223 Å2 / Biso min: 14.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→53.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30777 0 477 2050 33304
Biso mean--37.24 32.74 -
残基数----4067
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.76990.303112060.2688220122321890
1.7699-1.79070.307412120.2558233042451695
1.7907-1.81250.282212030.2405234082461195
1.8125-1.83550.272811790.2328234982467795
1.8355-1.85960.277812680.2311232212448995
1.8596-1.88510.28612010.2383225082370992
1.8851-1.91210.301511270.2525207102183785
1.9121-1.94060.290611170.2473209702208786
1.9406-1.97090.254512360.2107226862392293
1.9709-2.00320.249413590.2045228742423394
2.0032-2.03780.258213120.2044232572456995
2.0378-2.07480.283610560.2226204252148183
2.0748-2.11470.239412020.2033229292413194
2.1147-2.15790.230111590.1868233922455195
2.1579-2.20480.231311110.1786234282453996
2.2048-2.25610.240310460.2021209862203286
2.2561-2.31250.230510760.2005204802155684
2.3125-2.37510.2346590.199134771413655
2.3751-2.4450.22989030.1932155951649864
2.445-2.52390.230710650.1858187491981477
2.5239-2.61410.220311630.1741235612472496
2.6141-2.71870.224411870.1755233882457596
2.7187-2.84250.222112550.1792236022485796
2.8425-2.99230.194312700.1689234802475096
2.9923-3.17980.199812350.1684233982463396
3.1798-3.42520.1812320.1588229862421894
3.4252-3.76990.175711890.1447226182380793
3.7699-4.31510.152711760.1257230972427394
4.3151-5.43580.136812100.1162234922470296
5.4358-53.11130.162512640.1384235582482296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32670.17420.08410.41140.1440.42340.003-0.04890.0307-0.02140.057-0.1181-0.04070.0882-0.05750.23290.0134-0.00390.2161-0.06590.295657.015858.610834.1366
20.5987-0.2680.0290.45450.04570.356-0.0051-0.07110.03030.01860.00850.0666-0.0255-0.0411-0.00090.2062-0.01650.00590.2089-0.06630.223522.04858.143243.1335
30.9155-0.23590.06030.3440.06870.23470.00790.1184-0.1824-0.0681-0.03070.07790.0255-0.04140.01820.199-0.0052-0.01390.1607-0.03940.223545.266218.76123.2671
40.59780.1208-0.06670.3987-0.11290.26940.0126-0.1619-0.13420.0803-0.0194-0.03130.0260.04830.00530.21570.0021-0.00620.23120.00070.200735.957420.365558.0298
50.70710.4135-0.08790.444-0.04420.2928-0.07120.12-0.0817-0.0570.0639-0.01480.0261-0.05880.00760.195-0.01080.00730.2232-0.09020.211923.46898.32633.1392
60.3716-0.1252-0.09540.3426-0.07490.4021-0.01970.0277-0.03010.01310.0106-0.07150.04090.00570.01580.2245-0.0327-0.00180.2324-0.07210.279558.246199.057743.016
70.3469-0.02790.0480.2449-0.13580.387-0.0184-0.03720.1007-0.018-0.01180.0063-0.059-0.06020.02510.21260.0173-0.0110.2082-0.06710.226435.544137.862321.3911
80.55920.0086-0.14520.29720.07560.29020.0115-0.13390.06270.0482-0.0036-0.0053-0.0482-0.0518-0.01080.2314-0.00180.00140.2528-0.06440.198843.6734137.243556.4741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1peptide and chain AA0
2X-RAY DIFFRACTION2peptide and chain BB0
3X-RAY DIFFRACTION3peptide and chain CC0
4X-RAY DIFFRACTION4peptide and chain DD0
5X-RAY DIFFRACTION5peptide and chain EE0
6X-RAY DIFFRACTION6peptide and chain FF0
7X-RAY DIFFRACTION7peptide and chain GG0
8X-RAY DIFFRACTION8peptide and chain HH0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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