+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o4b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of ALDH7A1 mutant W175G complexed with NAD | ||||||
要素 | Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDEHYDE DEHYDROGENASE (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / NAD / LYSINE CATABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / sensory perception of sound / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Tanner, J.J. / Korasick, D.A. / Laciak, A.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2020 タイトル: Structural and biochemical consequences of pyridoxine-dependent epilepsy mutations that target the aldehyde binding site of aldehyde dehydrogenase ALDH7A1. 著者: Laciak, A.R. / Korasick, D.A. / Wyatt, J.W. / Gates, K.S. / Tanner, J.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o4b.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6o4b.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o4b | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 55491.211 Da / 分子数: 8 / 変異: W175G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH7A1, ATQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P49419, L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+), ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ |
---|
-非ポリマー , 7種, 1633分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / #5: 化合物 | ChemComp-PGE / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-1PE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 20% (w/v) PEG 4000, and 0.1 M Tris pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年9月16日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→62.78 Å / Num. obs: 312381 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 1073897 / Scaling rejects: 87 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4zuk 解像度: 1.85→62.776 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 21.48
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.68 Å2 / Biso mean: 26.757 Å2 / Biso min: 10.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→62.776 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|