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万見
- PDB-6o1k: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1k
タイトルArchitectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression. Hfq-Crc-amiE 2:2:2 complex (core complex)
要素
  • Catabolite repression control protein
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
  • RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/Hydrolase / Hfq / Crc / amiE / Carbon catabolite repression / RNA-protein interaction / RNA-mediated gene regulation / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / クオラムセンシング / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of translation / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding ...regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / クオラムセンシング / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of translation / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / SH3 type barrels. - #100 / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / : / Sm domain profile. ...Exodeoxyribonuclease III-like / RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / SH3 type barrels. - #100 / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / : / Sm domain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Catabolite repression control protein / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Pei, X.Y. / Dendooven, T. / Sonnleitner, E. / Chen, S. / Blasi, U. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression.
著者: Xue Yuan Pei / Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Shaoxia Chen / Udo Bläsi / Ben F Luisi /
要旨: In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation ...In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation of target transcripts by forming a regulatory complex with the catabolite repression protein Crc. This repressive complex acts as part of an intricate mechanism of preferred nutrient utilisation. We describe high-resolution cryo-EM structures of the assembly of Hfq and Crc bound to the translation initiation site of a target mRNA. The core of the assembly is formed through interactions of two cognate RNAs, two Hfq hexamers and a Crc pair. Additional Crc protomers are recruited to the core to generate higher-order assemblies with demonstrated regulatory activity in vivo. This study reveals how Hfq cooperates with a partner protein to regulate translation, and provides a structural basis for an RNA code that guides global regulators to interact cooperatively and regulate different RNA targets.
履歴
登録2019年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0590
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite repression control protein
B: Catabolite repression control protein
C: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
M: RNA-binding protein Hfq
N: RNA-binding protein Hfq
O: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
P: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,15116
ポリマ－164,15116
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration and Multi Angle Light Scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Catabolite repression control protein / Exodeoxyribonuclease / Exodeoxyribonuclease III


分子量: 30101.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: crc, exoA, exoA_2, C0044_39460, C8257_32550, CAZ10_32350, CGU42_22755, DT376_09125, DZ940_17015, DZ962_18070, NCTC13719_05871, PAERUG_E15_London_28_01_14_10555, PAMH19_3299, RW109_RW109_06940
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q51380, エキソデオキシリボヌクレアーゼIII
#2: タンパク質
RNA-binding protein Hfq


分子量: 7685.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: hfq, PA4944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUM0
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 5857.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:2:2 stoichiometry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.192 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES pH 7.91
240 mMNaCl塩化ナトリウム1
310 mMKCl1
41 mMMgCl21
52 mMTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 125000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 917
詳細: Images were collected in movie-counting mode, 75 frames per movie stack, 60s exposure per movie
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU1.10.1.1938REL画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8MOLREPモデルフィッティング
10RELION3b初期オイラー角割当beta version
11RELION3b最終オイラー角割当beta version
12RELION3b分類beta version
13RELION3b３次元再構成
14PHENIXモデル精密化real-space refine
15REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 435000
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73187 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11U1T

1u1t

11U1T1PDBexperimental model
24JG3

4jg3

14JG32PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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