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- PDB-6o0l: crystal structure of BCL-2 G101V mutation with venetoclax -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o0l
タイトルcrystal structure of BCL-2 G101V mutation with venetoclax
要素Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / BCL-2 (Bcl-2) / Venetoclax (ベネトクラクス) / complex / Protein-protein interface inhibitor / resistance mutation / FDA approved drug complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / osteoblast proliferation / cochlear nucleus development / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / renal system process / apoptotic process in bone marrow cell / T cell apoptotic process / regulation of cell-matrix adhesion / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / melanocyte differentiation / ear development / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / lymphoid progenitor cell differentiation / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / B cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / glomerulus development / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / oocyte development / neuron maturation / positive regulation of multicellular organism growth / negative regulation of execution phase of apoptosis / metanephros development / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of viral genome replication / focal adhesion assembly / negative regulation of motor neuron apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of ossification / 受精 / negative regulation of B cell apoptotic process / response to iron ion / negative regulation of protein localization to plasma membrane / response to UV-B / negative regulation of mitochondrial depolarization / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth / calcium ion transport into cytosol / channel activity / motor neuron apoptotic process / axon regeneration / Bcl-2 family protein complex / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / organ growth / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / digestive tract morphogenesis / response to cycloheximide / branching involved in ureteric bud morphogenesis / cellular response to organic substance / hair follicle morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to alkaloid / B cell lineage commitment / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / pore complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / BH3 domain binding / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / regulation of calcium ion transport / negative regulation of apoptotic signaling pathway / B cell homeostasis / 液性免疫 / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Luo, C.S. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of BCL-2 in complex with venetoclax reveal the molecular basis of resistance mutations.
著者: Birkinshaw, R.W. / Gong, J.N. / Luo, C.S. / Lio, D. / White, C.A. / Anderson, M.A. / Blombery, P. / Lessene, G. / Majewski, I.J. / Thijssen, R. / Roberts, A.W. / Huang, D.C.S. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2019年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation
改定 2.02019年11月20日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12019年12月11日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2
C: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,03210
ポリマ－38,7992
非ポリマー2,2328
水39622
1
A: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5165
ポリマ－19,4001
非ポリマー1,1164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5165
ポリマ－19,4001
非ポリマー1,1164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.147, 82.005, 47.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 19399.637 Da / 分子数: 2 / 変異: G101V,G101V,G101V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-LBM / 4-{4-[(4'-chloro-5,5-dimethyl[3,4,5,6-tetrahydro[1,1'-biphenyl]]-2-yl)methyl]piperazin-1-yl}-N-[(3-nitro-4-{[(oxan-4-yl )methyl]amino}phenyl)sulfonyl]-2-[(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)oxy]benzamide / Venetoclax, 2-((1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)oxy)-4-(4-((4'-chloro-5,5-dimethyl-3,4,5,6-tetrahydro-[1,1'-biphenyl]-2-yl)methyl)pipe razin-1-yl)-N-((3-nitro-4-(((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)amino)phenyl)sulfonyl)benzamide / ベネトクラクス


分子量: 868.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H50ClN7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4% PEG4K, 35% PEG400, 0.08M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月25日
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.51 Å / Num. obs: 12909 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.1432 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 1270 / CC1/2: 0.646 / % possible all: 99.53

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O0G

6o0g


解像度: 2.2→47.508 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.34
詳細: Authors state that the data were processed and refined in spacegroup P21, despite being possible to merge and refine in orthorhombic spacegroup P212121. This was due to poorer refinement ...詳細: Authors state that the data were processed and refined in spacegroup P21, despite being possible to merge and refine in orthorhombic spacegroup P212121. This was due to poorer refinement statistics in the orthorhombic spacegroup.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 628 4.86 %
Rwork0.1954 --
obs0.197 12924 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 152 22 2502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5893449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4661505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.42140.27871560.23533026X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.77170.2921590.21823095X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-3.49190.21541580.20593054X-RAY DIFFRACTION100
3.4919-47.5190.20411550.17623121X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.809-0.32610.74186.1047-0.51942.43320.17710.4439-0.2963-1.0320.2988-0.14790.06420.05860.0930.3344-0.0092-0.06560.34-0.0210.21339.24797.2737-5.3664
24.3852.2123.00253.6291-0.17224.7690.07950.8164-0.3613-0.35190.1691-0.09111.12460.0287-0.49660.6027-0.1655-0.09760.42060.08290.2157-2.6493.2669-5.088
38.29516.2242-5.35924.7725-4.1543.63440.5597-0.6487-0.10450.9529-0.234-0.0977-0.23280.1774-0.73160.6627-0.2248-0.24220.920.14630.558-7.303119.497-5.6781
43.49632.1552-1.25694.4856-1.80683.68840.0757-0.02480.26090.01210.04230.2914-0.21360.0058-0.10390.27520.0033-0.05140.21970.01170.16042.975713.60874.0071
53.31951.1681-1.27936.27831.92083.8076-0.03830.37940.296-0.86250.13710.07970.175-0.72810.05620.40710.0435-0.04720.4030.00150.28297.272837.044818.5847
66.6553-1.093-4.8844.73514.14877.573-0.22291.03570.7811-0.88550.3675-0.2476-0.96130.1756-0.80280.5095-0.16380.03730.42850.0380.309819.265340.883318.6098
70.5340.1186-0.33191.02360.68651.32040.0918-0.14890.1130.23470.0676-0.17010.380.21340.96810.82720.07360.12850.8687-0.3370.492823.951924.717917.9498
84.54992.72762.00882.80322.36796.34740.3670.2827-0.86060.80690.4779-0.77230.80370.225-0.59020.37310.0295-0.0920.2877-0.03960.397315.209422.543429.3811
94.62773.52222.73655.59272.12424.2495-0.01230.0182-0.0839-0.17770.1392-0.0272-0.1538-0.0022-0.15260.28050.00850.01830.26470.01320.167712.808933.940627.0697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 107 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 108 through 117 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 118 through 203 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 8 through 90 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 91 through 107 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 108 through 117 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 118 through 143 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 144 through 203 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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