[日本語] English
万見
- PDB-6nyb: Structure of a MAPK pathway complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nyb
タイトルStructure of a MAPK pathway complex
要素
  • 14-3-3 protein zeta
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / type B pancreatic cell proliferation ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / cerebellar cortex formation / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / regulation of early endosome to late endosome transport / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / protein kinase activator activity / endodermal cell differentiation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / MAPK3 (ERK1) activation / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase kinase kinase activity / Schwann cell development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / keratinocyte differentiation / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / 髄鞘 / protein serine/threonine kinase activator activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / long-term synaptic potentiation / 運動性 / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / response to peptide hormone / neuron differentiation / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / presynapse / cell body / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / regulation of cell population proliferation / heart development / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-LCJ / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / 14-3-3 protein zeta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Park, E. / Rawson, S. / Li, K. / Jeon, H. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P50CA165962 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50CA221830 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Architecture of autoinhibited and active BRAF-MEK1-14-3-3 complexes.
著者: Eunyoung Park / Shaun Rawson / Kunhua Li / Byeong-Won Kim / Scott B Ficarro / Gonzalo Gonzalez-Del Pino / Humayun Sharif / Jarrod A Marto / Hyesung Jeon / Michael J Eck /
要旨: RAF family kinases are RAS-activated switches that initiate signalling through the MAP kinase cascade to control cellular proliferation, differentiation and survival. RAF activity is tightly ...RAF family kinases are RAS-activated switches that initiate signalling through the MAP kinase cascade to control cellular proliferation, differentiation and survival. RAF activity is tightly regulated and inappropriate activation is a frequent cause of cancer; however, the structural basis for RAF regulation is poorly understood at present. Here we use cryo-electron microscopy to determine autoinhibited and active-state structures of full-length BRAF in complexes with MEK1 and a 14-3-3 dimer. The reconstruction reveals an inactive BRAF-MEK1 complex restrained in a cradle formed by the 14-3-3 dimer, which binds the phosphorylated S365 and S729 sites that flank the BRAF kinase domain. The BRAF cysteine-rich domain occupies a central position that stabilizes this assembly, but the adjacent RAS-binding domain is poorly ordered and peripheral. The 14-3-3 cradle maintains autoinhibition by sequestering the membrane-binding cysteine-rich domain and blocking dimerization of the BRAF kinase domain. In the active state, these inhibitory interactions are released and a single 14-3-3 dimer rearranges to bridge the C-terminal pS729 binding sites of two BRAFs, which drives the formation of an active, back-to-back BRAF dimer. Our structural snapshots provide a foundation for understanding normal RAF regulation and its mutational disruption in cancer and developmental syndromes.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0541
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
C: 14-3-3 protein zeta
D: 14-3-3 protein zeta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,11610
ポリマ－191,5544
非ポリマー1,5626
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 89402.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 45934.543 Da / 分子数: 1 / Mutation: S218A, S222A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GDC-0623 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, MAPキナーゼキナーゼ
#3: タンパク質 14-3-3 protein zeta


分子量: 28108.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)
参照: UniProt: V9P4T4

-
非ポリマー , 5種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-LCJ / 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide


分子量: 456.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14FIN4O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ternary complex of BRAF/MEK1/14-3-3 with MEK inhibitor
タイプ: COMPLEX
詳細: 14-3-3 is heterodimer of Insect epsilon and zeta. model was generated by Insect zeta sequence as a homo-dimer.
Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.19 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165298 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0148978
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.75212119
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.8735464
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.3261335
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021543

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る