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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ny3 | |||||||||
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タイトル | CasX ternary complex with 30bp target DNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CasX / sgRNA / target DNA / CRISPR (CRISPR) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Transposase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Deltaproteobacteria bacterium (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, J.J. / Orlova, N. / Nogales, E. / Doudna, J.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors. 著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / ...著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / Alexander Wagner / Julian Brötzmann / Brett T Staahl / Kian L Taylor / John Desmarais / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / 要旨: The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of ...The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of organisms. Here we reveal the underlying mechanisms of a third, fundamentally distinct RNA-guided genome-editing platform named CRISPR-CasX, which uses unique structures for programmable double-stranded DNA binding and cleavage. Biochemical and in vivo data demonstrate that CasX is active for Escherichia coli and human genome modification. Eight cryo-electron microscopy structures of CasX in different states of assembly with its guide RNA and double-stranded DNA substrates reveal an extensive RNA scaffold and a domain required for DNA unwinding. These data demonstrate how CasX activity arose through convergent evolution to establish an enzyme family that is functionally separate from both Cas9 and Cas12a. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ny3.cif.gz | 238 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ny3.ent.gz | 187.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ny3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6ny3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6ny3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8980MC 8987C 8988C 8989C 8990C 8991C 8994C 8996C 6ny1C 6ny2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 9219.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Deltaproteobacteria bacterium (バクテリア) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 9080.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Deltaproteobacteria bacterium (バクテリア) |
#3: タンパク質 | 分子量: 108092.836 Da / 分子数: 1 / Mutation: D672A, E769A, D935A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deltaproteobacteria bacterium (バクテリア) 遺伝子: DD725_10130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A357BT59 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 39272.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Deltaproteobacteria bacterium (バクテリア) |
配列の詳細 | The CasX construct has the following sequence: ...The CasX construct has the following sequence: SNAMEKRINK |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CasX ternary complex with 30bp target DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria bacterium (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258036 / 対称性のタイプ: POINT |