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万見
- PDB-6nwa: The structure of the photosystem I IsiA super-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nwa
タイトルThe structure of the photosystem I IsiA super-complex
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 8
  • Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem / Antenna / Chlorophyll (クロロフィル) / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived photosystem I / cellular response to iron ion starvation / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 ...plasma membrane-derived photosystem I / cellular response to iron ion starvation / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 ...Β-カロテン / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Toporik, H. / Li, J. / Williams, D. / Chiu, P.L. / Mazor, Y.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: The structure of the stress-induced photosystem I-IsiA antenna supercomplex.
著者: Hila Toporik / Jin Li / Dewight Williams / Po-Lin Chiu / Yuval Mazor /
要旨: Photochemical conversion in oxygenic photosynthesis takes place in two large protein-pigment complexes named photosystem II and photosystem I (PSII and PSI, respectively). Photosystems associate with ...Photochemical conversion in oxygenic photosynthesis takes place in two large protein-pigment complexes named photosystem II and photosystem I (PSII and PSI, respectively). Photosystems associate with antennae in vivo to increase the size of photosynthetic units to hundreds or thousands of pigments. Regulation of the interactions between antennae and photosystems allows photosynthetic organisms to adapt to their environment. In low-iron environments, cyanobacteria express IsiA, a PSI antenna, critical to their survival. Here we describe the structure of the PSI-IsiA complex isolated from the mesophilic cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. This 2-MDa photosystem-antenna supercomplex structure reveals more than 700 pigments coordinated by 51 subunits, as well as the mechanisms facilitating the self-assembly and association of IsiA with multiple PSI assemblies.
履歴
登録2019年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.02024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0524
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
W: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
X: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
Y: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
Z: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
g: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
y: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
d: Photosystem I reaction center subunit II
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
n: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
o: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
p: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
q: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
r: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
h: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
O: Photosystem I reaction center subunit II
R: Photosystem I reaction center subunit VIII
U: Photosystem I reaction center subunit XI
V: Photosystem I reaction center subunit XII
t: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
u: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
s: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
w: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
x: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
v: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
e: Photosystem I reaction center subunit IV
P: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
Q: Photosystem I reaction center subunit III
j: Photosystem I reaction center subunit IX
S: Photosystem I reaction center subunit IX
c: Photosystem I iron-sulfur center
N: Photosystem I iron-sulfur center
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
T: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,055,659822
ポリマ－1,429,29451
非ポリマー626,365771
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 AaHBbG

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA


分子量: 83022.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29254, 光化学系I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29255, 光化学系I

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タンパク質 , 2種, 21分子 CcNWXYZgynopqrhtuswxv

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8837.261 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P32422, 光化学系I
#11: タンパク質
Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / CP43'


分子量: 37250.734 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55274

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Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 24分子 DdOEePFfQIiRJjSLlUMmVkKT

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / 光化学系I / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P19569
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / 光化学系I / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 8154.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P12975
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I / PSI-F


分子量: 18267.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P29256
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I


分子量: 4414.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55330
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I


分子量: 4535.415 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55329
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / 光化学系I / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16631.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P37277
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / 光化学系I / PSI-M


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P72986
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / 光化学系I / Photosystem I subunit X 1


分子量: 8649.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P72712

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糖 , 1種, 3分子

#20: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 8種, 768分子

#13: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#15: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#16: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#18: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#19: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-IsiA / タイプ: COMPLEX / 詳細: PSI-IsiA from cyanobacteria / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4CTFFINDCTF補正
7PHENIX1.14-3260モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成3
13PHENIX1.14-3260モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 572000
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 95 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 16.43 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048145615
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8896207381
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.055117595
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006219922
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.700767613

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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