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万見
- PDB-6nut: Ebola virus nucleoprotein - RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nut
タイトルEbola virus nucleoprotein - RNA complex
要素
  • Nucleoprotein核タンパク質
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) / RNA-binding / nucleoprotein (核タンパク質) / nucleocapsid (カプシド) / capsid (カプシド) / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / 核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kirchdoerfer, R.N. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the Ebola virus nucleoprotein-RNA complex.
著者: Robert N Kirchdoerfer / Erica Ollmann Saphire / Andrew B Ward /
要旨: Ebola virus is an emerging virus that is capable of causing a deadly disease in humans. Replication, transcription and packaging of the viral genome are carried out by the viral nucleocapsid. The ...Ebola virus is an emerging virus that is capable of causing a deadly disease in humans. Replication, transcription and packaging of the viral genome are carried out by the viral nucleocapsid. The nucleocapsid is a complex of the viral nucleoprotein, RNA and several other viral proteins. The nucleoprotein forms large, RNA-bound, helical filaments and acts as a scaffold for additional viral proteins. The 3.1 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy structure of the nucleoprotein-RNA helical filament presented here resembles previous structures determined at lower resolution, while providing improved molecular details of protein-protein and protein-RNA interactions. The higher resolution of the structure presented here will facilitate the design and characterization of novel and specific Ebola virus therapeutics targeting the nucleocapsid.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0522
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0522
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1972
ポリマ－52,1972
非ポリマー00
水0
1
A: Nucleoprotein
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
x 50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,609,869100
ポリマ－2,609,869100
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation49
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 50 / Rise per n subunits: 2.84 Å / Rotation per n subunits: -14.71 °)

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / 核タンパク質 / Ebola NP / eNP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 50267.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: NP / プラスミド: pDisplay / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18272
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The poly-adenosine sequence was modeled to represent the mixed identity of nucleotide sequences bound to nucleoprotein.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293F

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ebola virus nucleoprotein bound to RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 177 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMcalcium chlorideCaCl21
45 mMbeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール1
試料濃度: 3.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 47478 X / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 13 sec. / 電子線照射量: 49.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 731
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 65 / 利用したフレーム数/画像: 1-65

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9Rosetta3.1モデル精密化
10PHENIX1.14rc3-3199モデル精密化
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -14.71 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.84 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 24608
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24609 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
14ZTG

4ztg

4ZTG137-361
25Z9W

5z9w

5Z9W220-400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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