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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nur | |||||||||
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タイトル | SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / polymerase (ポリメラーゼ) / non-structural protein (ウイルス非構造タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / メチル化 / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / : / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / endonuclease activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kirchdoerfer, R.N. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and nsp8 co-factors. 著者: Robert N Kirchdoerfer / Andrew B Ward / 要旨: Recent history is punctuated by the emergence of highly pathogenic coronaviruses such as SARS- and MERS-CoV into human circulation. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit ...Recent history is punctuated by the emergence of highly pathogenic coronaviruses such as SARS- and MERS-CoV into human circulation. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit RNA-synthesis complex of viral non-structural proteins (nsp) responsible for the replication and transcription of the viral genome. Here, we present the 3.1 Å resolution structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to its essential co-factors, nsp7 and nsp8, using single particle cryo-electron microscopy. nsp12 possesses an architecture common to all viral polymerases as well as a large N-terminal extension containing a kinase-like fold and is bound by two nsp8 co-factors. This structure illuminates the assembly of the coronavirus core RNA-synthesis machinery, provides key insights into nsp12 polymerase catalysis and fidelity and acts as a template for the design of novel antiviral therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nur.cif.gz | 229.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nur.ent.gz | 176.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nur | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 109277.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4370-5300 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0C6X7 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 21887.990 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3920-4117 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス) 遺伝子: 1a / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: P0C6U8 #3: タンパク質 | | 分子量: 9333.869 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3837-3919 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: P0C6X7 #4: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.16 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf21 / プラスミド: pFastBac | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside was added just prior to spotting samples onto holey EM grids. | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(補正後): 43478 X / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 11.75 sec. / 電子線照射量: 50.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1677 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 47 / 利用したフレーム数/画像: 1-47 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2003890 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71046 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |