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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nt7 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full-length chicken STING in the cGAMP-bound dimeric state | |||||||||||||||||||||
要素 | Stimulator of interferon genes protein | |||||||||||||||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / ER / membrane (生体膜) / adaptor | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 STING mediated induction of host immune responses / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production ...STING mediated induction of host immune responses / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / オートファゴソーム / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Neutrophil degranulation / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Shang, G. / Zhang, C. / Chen, Z.J. / Bai, X. / Zhang, X. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures of STING reveal its mechanism of activation by cyclic GMP-AMP. 著者: Guijun Shang / Conggang Zhang / Zhijian J Chen / Xiao-Chen Bai / Xuewu Zhang / 要旨: Infections by pathogens that contain DNA trigger the production of type-I interferons and inflammatory cytokines through cyclic GMP-AMP synthase, which produces 2'3'-cyclic GMP-AMP (cGAMP) that binds ...Infections by pathogens that contain DNA trigger the production of type-I interferons and inflammatory cytokines through cyclic GMP-AMP synthase, which produces 2'3'-cyclic GMP-AMP (cGAMP) that binds to and activates stimulator of interferon genes (STING; also known as TMEM173, MITA, ERIS and MPYS). STING is an endoplasmic-reticulum membrane protein that contains four transmembrane helices followed by a cytoplasmic ligand-binding and signalling domain. The cytoplasmic domain of STING forms a dimer, which undergoes a conformational change upon binding to cGAMP. However, it remains unclear how this conformational change leads to STING activation. Here we present cryo-electron microscopy structures of full-length STING from human and chicken in the inactive dimeric state (about 80 kDa in size), as well as cGAMP-bound chicken STING in both the dimeric and tetrameric states. The structures show that the transmembrane and cytoplasmic regions interact to form an integrated, domain-swapped dimeric assembly. Closure of the ligand-binding domain, induced by cGAMP, leads to a 180° rotation of the ligand-binding domain relative to the transmembrane domain. This rotation is coupled to a conformational change in a loop on the side of the ligand-binding-domain dimer, which leads to the formation of the STING tetramer and higher-order oligomers through side-by-side packing. This model of STING oligomerization and activation is supported by our structure-based mutational analyses. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nt7.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nt7.ent.gz | 89 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nt7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/6nt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/6nt7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44207.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TMEM173 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1D5P7Q9, UniProt: E1C7U0*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-1SY / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: full-length chicken STING / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 GnTI- |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 156804 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |