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万見
- PDB-6nog: Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nog
タイトルPoised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome
要素
  • (601 DNA Strand ...) x 2
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4ヒストンH4
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specificヒストンメチルトランスフェラーゼ
  • Ubiquitinユビキチン
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/TRANSFERASE/DNA (構造) / Ubiquitin (ユビキチン) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / STRUCTURAL PROTEIN-TRANSFERASE-DNA complex (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization ...: / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling / PKMTs methylate histone lysines / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #60 / Histone H3-K79 methyltransferase, metazoa / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Histone H2B signature. ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #60 / Histone H3-K79 methyltransferase, metazoa / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Histone H3 signature 1. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Ubiquitin domain signature. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Ubiquitin B / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / ヒストンH4 / Histone H3.2 / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Worden, E.J. / Hoffmann, N.A. / Wolberger, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095822 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Mechanism of Cross-talk between H2B Ubiquitination and H3 Methylation by Dot1L.
著者: Evan J Worden / Niklas A Hoffmann / Chad W Hicks / Cynthia Wolberger /
要旨: Methylation of histone H3 K79 by Dot1L is a hallmark of actively transcribed genes that depends on monoubiquitination of H2B K120 (H2B-Ub) and is an example of histone modification cross-talk that is ...Methylation of histone H3 K79 by Dot1L is a hallmark of actively transcribed genes that depends on monoubiquitination of H2B K120 (H2B-Ub) and is an example of histone modification cross-talk that is conserved from yeast to humans. We report here cryo-EM structures of Dot1L bound to ubiquitinated nucleosome that show how H2B-Ub stimulates Dot1L activity and reveal a role for the histone H4 tail in positioning Dot1L. We find that contacts mediated by Dot1L and the H4 tail induce a conformational change in the globular core of histone H3 that reorients K79 from an inaccessible position, thus enabling this side chain to insert into the active site in a position primed for catalysis. Our study provides a comprehensive mechanism of cross-talk between histone ubiquitination and methylation and reveals structural plasticity in histones that makes it possible for histone-modifying enzymes to access residues within the nucleosome core.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0468
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
E: Histone H3.2
B: Histone H4
F: Histone H4
C: Histone H2A type 1
G: Histone H2A type 1
D: Histone H2B 1.1
H: Histone H2B 1.1
L: Ubiquitin
K: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
I: 601 DNA Strand 1
J: 601 DNA Strand 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,68812
ポリマ－254,68812
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area56820 Å2
ΔGint-422 kcal/mol
Surface area99750 Å2

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要素

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タンパク質 , 6種, 10分子 AEBFCGDHLK

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 変異: G102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 変異: G99R, A123S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#4: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13498.715 Da / 分子数: 2 / 変異: S32T, K120C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#5: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 9036.393 Da / 分子数: 1 / 変異: G76C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#6: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / ヒストンメチルトランスフェラーゼ / DOT1-like protein / Histone H3-K79 methyltransferase / H3-K79-HMTase / Lysine N-methyltransferase 4 / Dot1L


分子量: 47432.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOT1L, KIAA1814, KMT4 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TEK3, ヒストンメチルトランスフェラーゼ

-
601 DNA Strand ... , 2種, 2分子 IJ

#7: DNA鎖 601 DNA Strand 1


分子量: 44825.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pST55-16x601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: DNA鎖 601 DNA Strand 2


分子量: 45305.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pST55-16x601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Poised state Dot1L in complex with the H2B-Ub nucleosomeCOMPLEX1:1 complex of Dot1L bound to the nucleosomeall0MULTIPLE SOURCES
2Dot1LCOMPLEX#61RECOMBINANT
3H2B-Ub nucleosomeCOMPLEX#1-#5, #7-#81MULTIPLE SOURCES
4histone coreCOMPLEX#1-#43RECOMBINANT
5ubiquitinユビキチンCOMPLEX#53RECOMBINANT
6DNAデオキシリボ核酸COMPLEX#7-#83RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
24Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
35Homo sapiens (ヒト)9606
46synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
12Escherichia coli (大腸菌)562pET32a
24Escherichia coli (大腸菌)562pET3a
35Escherichia coli (大腸菌)562
46Escherichia coli (大腸菌)562pST55-16x601
緩衝液pH: 7.5
詳細: Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
22 mMdithiothreitolジチオトレイトールC4H10O2S21
320 mMHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Crosslinked with glutaraldehyde
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot once for 3.5 seconds before freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2267 / 詳細: 3 exposures per hole
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM1.0.0粒子像選択
2Latitude画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 578660
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108658 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11KX3

1kx3

A1KX31
51KX3

1kx3

B1KX31
61KX3

1kx3

C1KX31
71KX3

1kx3

D1KX31
81KX3

1kx3

E1KX31
91KX3

1kx3

F1KX31
101KX3

1kx3

G1KX31
111KX3

1kx3

H1KX31
23QOW

3qow

K3QOW2
31UBQ

1ubq

L1UBQ3
43MVD

3mvd

I3MVD4
123MVD

3mvd

J3MVD4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る