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- PDB-6nna: Human Fatty Acid Synthase Psi/KR Tri-Domain with NADPH and Compound 22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nna
タイトルHuman Fatty Acid Synthase Psi/KR Tri-Domain with NADPH and Compound 22
要素Fatty acid synthase,Fatty acid synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / FATTY ACID SYNTHASE (脂肪酸合成酵素) / HUMAN FAS / KETO-REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / ether lipid biosynthetic process / : / : / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / neutrophil differentiation / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development ...fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / ether lipid biosynthetic process / : / : / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / neutrophil differentiation / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / : / グリコーゲン / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / modulation by host of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid synthase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / phosphopantetheine binding / monocyte differentiation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / fatty acid metabolic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / osteoblast differentiation / fatty acid biosynthetic process / メラノソーム / cadherin binding / 炎症 / ゴルジ体 / RNA binding / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase dehydratase domain / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / PKS_DH ...: / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase dehydratase domain / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KUA / Chem-NDP / 脂肪酸合成酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Toms, A.V. / Martin, M.W.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Discovery and optimization of novel piperazines as potent inhibitors of fatty acid synthase (FASN).
著者: Martin, M.W. / Lancia Jr., D.R. / Li, H. / Schiller, S.E.R. / Toms, A.V. / Wang, Z. / Bair, K.W. / Castro, J. / Fessler, S. / Gotur, D. / Hubbs, S.E. / Kauffman, G.S. / Kershaw, M. / Luke, G. ...著者: Martin, M.W. / Lancia Jr., D.R. / Li, H. / Schiller, S.E.R. / Toms, A.V. / Wang, Z. / Bair, K.W. / Castro, J. / Fessler, S. / Gotur, D. / Hubbs, S.E. / Kauffman, G.S. / Kershaw, M. / Luke, G.P. / McKinnon, C. / Yao, L. / Lu, W. / Millan, D.S.
履歴
登録2019年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase,Fatty acid synthase
B: Fatty acid synthase,Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,01119
ポリマ－143,9302
非ポリマー3,08117
水10,701594
1
A: Fatty acid synthase,Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,53610
ポリマ－71,9651
非ポリマー1,5719
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid synthase,Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4749
ポリマ－71,9651
非ポリマー1,5098
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.110, 85.740, 86.470
Angle α, β, γ (deg.)65.570, 90.000, 87.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid synthase,Fatty acid synthase


分子量: 71965.102 Da / 分子数: 2 / 変異: M1110Q,S1438A,P1524G,M1110Q,S1438A,P1524G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASN, FAS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3- ...参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific), oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-KUA / {4-[4-(1,3-benzoxazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}(1-hydroxycyclopropyl)methanone


分子量: 391.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.19 M ammonium sulfate, 5 mM sodium cacodylate,pH7.6 and 27 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→48.08 Å / Num. obs: 57291 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Num. unique obs: 4419 / CC1/2: 0.712 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 0.487 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4piv

4piv


解像度: 2.26→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 7.655 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.25
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 2646 4.6 %RANDOM
Rwork0.2008 ---
obs0.2031 54645 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.42 Å2 / Biso mean: 34.873 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20.65 Å2-0.27 Å2
2---0.47 Å20.23 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9280 0 206 594 10080
Biso mean--28.54 37.39 -
残基数----1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0139685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.66213143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1471.58421117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66951210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10321.792480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.987151585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9511573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021976
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 163 -
Rwork0.285 4046 -
all-4209 -
obs--96.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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