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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nn6 | |||||||||
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タイトル | Structure of Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / chromatin (クロマチン) / structural biology (構造生物学) / single particle (単粒子解析法) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / histone methyltransferase (ヒストンメチルトランスフェラーゼ) / nucleosome (ヌクレオソーム) / Dot1L | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization ...: / histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / histone H3 methyltransferase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone methyltransferase activity / heterochromatin formation / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling / PKMTs methylate histone lysines / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Anderson, C.J. / Baird, M.R. / Hsu, A. / Barbour, E.H. / Koyama, Y. / Borgnia, M.J. / McGinty, R.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: Structural Basis for Recognition of Ubiquitylated Nucleosome by Dot1L Methyltransferase. 著者: Cathy J Anderson / Matthew R Baird / Allen Hsu / Emily H Barbour / Yuka Koyama / Mario J Borgnia / Robert K McGinty / 要旨: Histone H3 lysine 79 (H3K79) methylation is enriched on actively transcribed genes, and its misregulation is a hallmark of leukemia. Methylation of H3K79, which resides on the structured disk face of ...Histone H3 lysine 79 (H3K79) methylation is enriched on actively transcribed genes, and its misregulation is a hallmark of leukemia. Methylation of H3K79, which resides on the structured disk face of the nucleosome, is mediated by the Dot1L methyltransferase. Dot1L activity is part of a trans-histone crosstalk pathway, requiring prior histone H2B ubiquitylation of lysine 120 (H2BK120ub) for optimal activity. However, the molecular details describing both how Dot1L binds to the nucleosome and why Dot1L is activated by H2BK120 ubiquitylation are unknown. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of Dot1L bound to a nucleosome reconstituted with site-specifically ubiquitylated H2BK120. The structure reveals that Dot1L engages the nucleosome acidic patch using a variant arginine anchor and occupies a conformation poised for methylation. In this conformation, Dot1L and ubiquitin interact directly through complementary hydrophobic surfaces. This study establishes a path to better understand Dot1L function in normal and leukemia cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nn6.cif.gz | 353.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nn6.ent.gz | 269.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nn6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nn6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 10分子 AEBFCGDHKL
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 変異: G103A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 変異: G100R, A124S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P06897 #4: タンパク質 | 分子量: 13642.846 Da / 分子数: 2 / 変異: S33T, K121C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 47462.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOT1L, KIAA1814, KMT4 / プラスミド: pST50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q8TEK3, ヒストンメチルトランスフェラーゼ #8: タンパク質 | | 分子量: 8911.180 Da / 分子数: 1 / 変異: G76S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / プラスミド: pST50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: F5H388 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Widom 601 nucleosome positioning sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Widom 601 nucleosome positioning sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex (Class 2A) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.27 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.93 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1000 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 408526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39558 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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