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万見
- PDB-6nhj: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nhj
タイトルAtomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development
要素
  • Major capsid protein
  • Minor capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Tegument protein
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS (ウイルス) / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / beta-herpesvirus / murine cytomegalovirus / human cytomegalovirus / pp150 / pUL32 / pM32 / bacterial artificial chromosome-based mutagenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / viral process / カプシド / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL11/UL32 / Small capsid protein, Herpesviridae / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Small capsid protein of Herpesviridae / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Tegument protein / Minor capsid protein / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Murine cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å
データ登録者Liu, W. / Dai, X.H. / Jih, J. / Chan, K. / Trang, P. / Yu, X.K. / Balogun, R. / Mei, Y. / Liu, F.Y. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567, DE023935, and DE025462 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI069015 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10RR23057 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with ...タイトル: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development.
著者: Wei Liu / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Karen Chan / Phong Trang / Xuekui Yu / Rilwan Balogun / Ye Mei / Fenyong Liu / Z Hong Zhou /
要旨: Cytomegalovirus (CMV) infection causes birth defects and life-threatening complications in immunosuppressed patients. Lack of vaccine and need for more effective drugs have driven widespread ongoing ...Cytomegalovirus (CMV) infection causes birth defects and life-threatening complications in immunosuppressed patients. Lack of vaccine and need for more effective drugs have driven widespread ongoing therapeutic development efforts against human CMV (HCMV), mostly using murine CMV (MCMV) as the model system for preclinical animal tests. The recent publication (Yu et al., 2017, DOI: 10.1126/science.aam6892) of an atomic model for HCMV capsid with associated tegument protein pp150 has infused impetus for rational design of novel vaccines and drugs, but the absence of high-resolution structural data on MCMV remains a significant knowledge gap in such development efforts. Here, by cryoEM with sub-particle reconstruction method, we have obtained the first atomic structure of MCMV capsid with associated pp150. Surprisingly, the capsid-binding patterns of pp150 differ between HCMV and MCMV despite their highly similar capsid structures. In MCMV, pp150 is absent on triplex Tc and exists as a "Λ"-shaped dimer on other triplexes, leading to only 260 groups of two pp150 subunits per capsid in contrast to 320 groups of three pp150 subunits each in a "Δ"-shaped fortifying configuration. Many more amino acids contribute to pp150-pp150 interactions in MCMV than in HCMV, making MCMV pp150 dimer inflexible thus incompatible to instigate triplex Tc-binding as observed in HCMV. While pp150 is essential in HCMV, our pp150-deletion mutant of MCMV remained viable though with attenuated infectivity and exhibiting defects in retaining viral genome. These results thus invalidate targeting pp150, but lend support to targeting capsid proteins, when using MCMV as a model for HCMV pathogenesis and therapeutic studies.
履歴
登録2018年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9366
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  • マップデータ: EMDB-9366
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
k: Major capsid protein
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Major capsid protein
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
2: Tegument protein
3: Tegument protein
e: Tegument protein
h: Tegument protein
f: Tegument protein
i: Tegument protein
g: Tegument protein
j: Tegument protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
u: Small capsomere-interacting protein
v: Small capsomere-interacting protein
w: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Minor capsid protein
S: Minor capsid protein
T: Minor capsid protein
U: Minor capsid protein
V: Minor capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
1: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,727,30055
ポリマ－3,727,30055
非ポリマー00
水0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
k: Major capsid protein
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Major capsid protein
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
2: Tegument protein
3: Tegument protein
e: Tegument protein
h: Tegument protein
f: Tegument protein
i: Tegument protein
g: Tegument protein
j: Tegument protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
u: Small capsomere-interacting protein
v: Small capsomere-interacting protein
w: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Minor capsid protein
S: Minor capsid protein
T: Minor capsid protein
U: Minor capsid protein
V: Minor capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
1: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 224 MDa, 3300 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,638,0253300
ポリマ－223,638,0253300
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
k: Major capsid protein
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Major capsid protein
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
2: Tegument protein
3: Tegument protein
e: Tegument protein
h: Tegument protein
f: Tegument protein
i: Tegument protein
g: Tegument protein
j: Tegument protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
u: Small capsomere-interacting protein
v: Small capsomere-interacting protein
w: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Minor capsid protein
S: Minor capsid protein
T: Minor capsid protein
U: Minor capsid protein
V: Minor capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
1: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 18.6 MDa, 275 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,636,502275
ポリマ－18,636,502275
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
k: Major capsid protein
l: Major capsid protein
m: Major capsid protein
n: Major capsid protein
o: Major capsid protein
p: Major capsid protein
q: Major capsid protein
2: Tegument protein
3: Tegument protein
e: Tegument protein
h: Tegument protein
f: Tegument protein
i: Tegument protein
g: Tegument protein
j: Tegument protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
r: Small capsomere-interacting protein
s: Small capsomere-interacting protein
t: Small capsomere-interacting protein
u: Small capsomere-interacting protein
v: Small capsomere-interacting protein
w: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Minor capsid protein
S: Minor capsid protein
T: Minor capsid protein
U: Minor capsid protein
V: Minor capsid protein
z: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
1: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 22.4 MDa, 330 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,363,803330
ポリマ－22,363,803330
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 151673.031 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
株: Smith / 参照: UniProt: A0A1S5YGR4
#2: タンパク質
Tegument protein


分子量: 78749.961 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
株: Smith / 参照: UniProt: D3XDM2
#3: タンパク質
Small capsomere-interacting protein


分子量: 9845.198 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
株: Smith / 参照: UniProt: D3XDN6
#4: タンパク質
Minor capsid protein


分子量: 33281.289 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
株: Smith / 参照: UniProt: D3XDN4
#5: タンパク質
Triplex capsid protein 2


分子量: 34660.262 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
株: Smith / 参照: UniProt: D3XDR2

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Murid herpesvirus 1 (strain Smith) (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer, PH=7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: The grids were manually plunged into the Ethane.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM / 実像数: 2200
画像スキャンScanner model: NIKON SUPER COOLSCAN 9000

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 58254
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47982 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 200 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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