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- PDB-6ncl: Near-atomic structure of icosahedrally averaged PBCV-1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncl
タイトルNear-atomic structure of icosahedrally averaged PBCV-1 capsid
要素
  • Major capsid protein
  • P1
  • P10
  • P11
  • P12
  • P13
  • P14
  • P2
  • P3
  • P4
  • P5
  • P6
  • P7
  • P8
  • P9
キーワードVIRUS (ウイルス) / tape-measure protein / minor capsid proteins / zip protein / giant virus
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / Family of unknown function (DUF5761) / Family of unknown function (DUF5762) / Family of unknown function (DUF5899) / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily ...Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / Family of unknown function (DUF5761) / Family of unknown function (DUF5762) / Family of unknown function (DUF5899) / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / カプシド / Major capsid protein / Uncharacterized protein / PsbP C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DUF5899 domain-containing protein / Uncharacterized protein / SAYSvFN domain-containing protein ...Uncharacterized protein / カプシド / Major capsid protein / Uncharacterized protein / PsbP C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DUF5899 domain-containing protein / Uncharacterized protein / SAYSvFN domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / カプシド / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fang, Q. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Near-atomic structure of a giant virus.
著者: Qianglin Fang / Dongjie Zhu / Irina Agarkova / Jagat Adhikari / Thomas Klose / Yue Liu / Zhenguo Chen / Yingyuan Sun / Michael L Gross / James L Van Etten / Xinzheng Zhang / Michael G Rossmann /
要旨: Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have ...Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have remained unknown. Here we describe a 3.5 Å resolution icosahedrally averaged capsid structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1). This structure consists of 5040 copies of the major capsid protein, 60 copies of the penton protein and 1800 minor capsid proteins of which there are 13 different types. The minor capsid proteins form a hexagonal network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by binding neighboring capsomers together. The size of the viral capsid is determined by a tape-measure, minor capsid protein of which there are 60 copies in the virion. Homologs of the tape-measure protein and some of the other minor capsid proteins exist in other NCLDVs. Thus, a similar capsid assembly pathway might be used by other NCLDVs.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0436
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0436
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0436
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
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a3: P10
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,793,079115
ポリマ－4,793,079115
非ポリマー00
水0
1
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x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: microscopy
  • 288 MDa, 6900 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,584,7156900
ポリマ－287,584,7156900
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
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x 5


  • icosahedral pentamer
  • 24 MDa, 575 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,965,393575
ポリマ－23,965,393575
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
a0: P14
a1: P9
a2: P10
a3: P10
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a6: P1
a7: P12
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b7: P11
b8: P11
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l0: Major capsid protein
l1: Major capsid protein
l2: Major capsid protein
l3: Major capsid protein
l4: P13
l5: P11
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 28.8 MDa, 690 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,758,471690
ポリマ－28,758,471690
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

-
タンパク質 , 15種, 115分子 a0a1a2a3a4a5a6a7a8a9b0b1b2b3b4b5b7b8c0c1l5b6c2c3c4c5c6c7c8c9...

#1: タンパク質 P14


分子量: 38502.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98550
#2: タンパク質 P9


分子量: 23407.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98459
#3: タンパク質 P10


分子量: 31223.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98505
#4: タンパク質 P7


分子量: 29505.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84580
#5: タンパク質 P6


分子量: 24036.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84523
#6: タンパク質 P1


分子量: 18281.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84626
#7: タンパク質 P12


分子量: 17715.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84459
#8: タンパク質 P5


分子量: 16455.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98576
#9: タンパク質
P11


分子量: 23322.656 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84666
#10: タンパク質 P2


分子量: 63888.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84656
#11: タンパク質
P4


分子量: 20637.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: O41054
#12: タンパク質 P3


分子量: 19116.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98573
#13: タンパク質 P8


分子量: 19226.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: O41126
#14: タンパク質 ...
Major capsid protein / MCP / VP54


分子量: 48199.625 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: P30328
#15: タンパク質 P13


分子量: 11070.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98473

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 24.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13000 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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