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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nav | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus | ||||||
要素 | M9UD72 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / helical symmetry / archaeal pilus | ||||||
機能・相同性 | membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus islandicus LAL14/1 (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, F. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Prangishvili, D. / Krupovic, M. / Egelman, E.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: An extensively glycosylated archaeal pilus survives extreme conditions. 著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Mark A B Kreutzberger / Zhangli Su / Guilherme A P de Oliveira / Tomasz Osinski / Nicholas Sherman / Frank DiMaio / Joseph S Wall / David ...著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Mark A B Kreutzberger / Zhangli Su / Guilherme A P de Oliveira / Tomasz Osinski / Nicholas Sherman / Frank DiMaio / Joseph S Wall / David Prangishvili / Mart Krupovic / Edward H Egelman / 要旨: Pili on the surface of Sulfolobus islandicus are used for many functions, and serve as receptors for certain archaeal viruses. The cells grow optimally at pH 3 and ~80 °C, exposing these ...Pili on the surface of Sulfolobus islandicus are used for many functions, and serve as receptors for certain archaeal viruses. The cells grow optimally at pH 3 and ~80 °C, exposing these extracellular appendages to a very harsh environment. The pili, when removed from cells, resist digestion by trypsin or pepsin, and survive boiling in sodium dodecyl sulfate or 5 M guanidine hydrochloride. We used electron cryo-microscopy to determine the structure of these filaments at 4.1 Å resolution. An atomic model was built by combining the electron density map with bioinformatics without previous knowledge of the pilin sequence-an approach that should prove useful for assemblies where all of the components are not known. The atomic structure of the pilus was unusual, with almost one-third of the residues being either threonine or serine, and with many hydrophobic surface residues. While the map showed extra density consistent with glycosylation for only three residues, mass measurements suggested extensive glycosylation. We propose that this extensive glycosylation renders these filaments soluble and provides the remarkable structural stability. We also show that the overall fold of the archaeal pilin is remarkably similar to that of archaeal flagellin, establishing common evolutionary origins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nav.cif.gz | 398.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nav.ent.gz | 335.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nav.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6nav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6nav | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12681.375 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus islandicus LAL14/1 (好気性・好酸性) 参照: UniProt: M9UD72 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Sulfolobus islandicus LAL14/1 (好気性・好酸性) |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 詳細: Images were stored containing 24 fractions, where each fraction corresponded to a dose of ~2 electrons per Angstrom^2. |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 104.97 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.94 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 181070 / 詳細: MODEL:MAP FSC, D99 / 対称性のタイプ: HELICAL |