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- PDB-6n8j: Cryo-EM structure of late nuclear (LN) pre-60S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8j
タイトルCryo-EM structure of late nuclear (LN) pre-60S ribosomal subunit
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 38
  • (Nucleolar GTP-binding protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 2
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Bud site selection protein 20
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Ribosome assembly factor MRT4
  • Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA
  • UPF0642 protein YBL028C
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / Nmd3 / peptidyl transferase center
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ribosomal subunit export from nucleus / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...regulation of ribosomal subunit export from nucleus / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ATPase activator activity / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / maturation of SSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor activity / small-subunit processome / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / ATPase binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / nucleic acid binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Domain of unknown function DUF2423 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Protein of unknown function (DUF2423) / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 ...Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Domain of unknown function DUF2423 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Protein of unknown function (DUF2423) / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 ...グアノシン三リン酸 / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosome assembly factor MRT4 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / UPF0642 protein YBL028C / Ribosome biogenesis protein NSA2 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Bud site selection protein 20 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhou, Y. / Musalgaonkar, S. / Johnson, A.W. / Taylor, D.W.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
Robert A. Welch FoundationF-1938 米国
Army Research OfficeW911NF-15-0120 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM53655 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127127 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Tightly-orchestrated rearrangements govern catalytic center assembly of the ribosome.
著者: Yi Zhou / Sharmishtha Musalgaonkar / Arlen W Johnson / David W Taylor /
要旨: The catalytic activity of the ribosome is mediated by RNA, yet proteins are essential for the function of the peptidyl transferase center (PTC). In eukaryotes, final assembly of the PTC occurs in the ...The catalytic activity of the ribosome is mediated by RNA, yet proteins are essential for the function of the peptidyl transferase center (PTC). In eukaryotes, final assembly of the PTC occurs in the cytoplasm by insertion of the ribosomal protein Rpl10 (uL16). We determine structures of six intermediates in late nuclear and cytoplasmic maturation of the large subunit that reveal a tightly-choreographed sequence of protein and RNA rearrangements controlling the insertion of Rpl10. We also determine the structure of the biogenesis factor Yvh1 and show how it promotes assembly of the P stalk, a critical element for recruitment of GTPases that drive translation. Together, our structures provide a blueprint for final assembly of a functional ribosome.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-0369
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 60S ribosomal protein L5
J: 60S ribosomal protein L11-A
A: 60S ribosomal protein L2-A
a: 60S ribosomal protein L28
B: 60S ribosomal protein L3
b: Nucleolar GTP-binding protein 1
C: 60S ribosomal protein L4-A
c: 60S ribosomal protein L30
d: 60S ribosomal protein L31-A
E: 60S ribosomal protein L6-A
e: 60S ribosomal protein L32
F: 60S ribosomal protein L7-A
f: 60S ribosomal protein L33-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
g: 60S ribosomal protein L34-A
I: Bud site selection protein 20
H: 60S ribosomal protein L9-A
h: 60S ribosomal protein L35-A
i: 60S ribosomal protein L36-A
j: 60S ribosomal protein L37-A
k: 60S ribosomal protein L38
m: Nucleolar GTP-binding protein 2
L: 60S ribosomal protein L13-A
l: 60S ribosomal protein L39
M: 60S ribosomal protein L14-A
p: 60S ribosomal protein L43-A
N: 60S ribosomal protein L15-A
u: Ribosome biogenesis protein RLP24
O: 60S ribosomal protein L16-A
P: 60S ribosomal protein L17-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
R: 60S ribosomal protein L19-A
r: Ribosome biogenesis protein NSA2
S: 60S ribosomal protein L20-A
T: 60S ribosomal protein L21-A
U: 60S ribosomal protein L22-A
V: 60S ribosomal protein L23-A
W: Ribosome assembly factor MRT4
X: 60S ribosomal protein L25
Y: 60S ribosomal protein L26-A
y: Eukaryotic translation initiation factor 6
Z: 60S ribosomal protein L27-A
z: UPF0642 protein YBL028C
K: 60S ribosomal protein L12
q: 60S ribosomal protein L42-A
o: 60S ribosomal protein L29
1: Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA
2: 5S rRNA
3: 5.8S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,155,25953
ポリマ－2,154,16449
非ポリマー1,0954
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area393360 Å2
ΔGint-3060 kcal/mol
Surface area697410 Å2

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 DJAaBCcdEeFfGgHhijkLlMpNOPQRST...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL5, RPL1, RPL1A, YPL131W, LPI14W
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26321
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-A / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W9
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX45
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02326
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L12 /


分子量: 15951.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX53*PLUS
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747

-
Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm

#6: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892
#22: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 2


分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53742

-
タンパク質 , 4種, 4分子 IWyz

#16: タンパク質 Bud site selection protein 20


分子量: 18546.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08004
#38: タンパク質 Ribosome assembly factor MRT4 / mRNA turnover protein 4


分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201
#41: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522
#43: タンパク質 UPF0642 protein YBL028C


分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38202

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Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 ur

#28: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915
#33: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 / リボソーム生合成 / NOP7-associated protein 2


分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#47: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: REF: 831416132
#48: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1329886537
#49: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1489318609

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非ポリマー , 2種, 4分子

#50: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#51: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Late nuclear (LN) pre-60S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#49 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88117 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3JCT

3jct

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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