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- PDB-6n7r: Saccharomyces cerevisiae spliceosomal E complex (ACT1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n7r
タイトルSaccharomyces cerevisiae spliceosomal E complex (ACT1)
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 5
  • 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
  • ACT1 pre-mRNA
  • Pre-mRNA-processing factor 39
  • Protein LUC7
  • Protein NAM8
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U1 snRNAU1 spliceosomal RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / pre-mRNA splicing / spliceosome (スプライセオソーム) / E complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA binding / snRNA binding / mRNA splice site selection / splicing factor binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pICln-Sm protein complex / U4 snRNP / small nuclear ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / SMN-Sm protein complex ...positive regulation of RNA binding / snRNA binding / mRNA splice site selection / splicing factor binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pICln-Sm protein complex / U4 snRNP / small nuclear ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / SMN-Sm protein complex / U2 snRNP / commitment complex / U12-type spliceosomal complex / pre-mRNA 5'-splice site binding / poly(U) RNA binding / spliceosomal snRNP assembly / small nucleolar ribonucleoprotein complex / U2-type prespliceosome / U1 snRNP / precatalytic spliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / PWI domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / Luc7-related / LSM domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / U1-C, C2H2-type zinc finger ...Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / PWI domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / Luc7-related / LSM domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / U1-C, C2H2-type zinc finger / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Sm-like protein Lsm6/SmF / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / in:ipr040252: / Zinc finger C2H2 superfamily / RNA-binding domain superfamily / snRNP70, RNA recognition motif / Small nuclear ribonucleoprotein F / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / RNA recognition motif domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein G / SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / gb:1039023756: / Small nuclear ribonucleoprotein E / Protein LUC7 / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 ...Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / gb:1039023756: / Small nuclear ribonucleoprotein E / Protein LUC7 / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, S. / Li, X. / Zhou, Z.H. / Zhao, R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM126157 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM114178 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI094386 米国
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: A unified mechanism for intron and exon definition and back-splicing.
著者: Xueni Li / Shiheng Liu / Lingdi Zhang / Aaron Issaian / Ryan C Hill / Sara Espinosa / Shasha Shi / Yanxiang Cui / Kalli Kappel / Rhiju Das / Kirk C Hansen / Z Hong Zhou / Rui Zhao /
要旨: The molecular mechanisms of exon definition and back-splicing are fundamental unanswered questions in pre-mRNA splicing. Here we report cryo-electron microscopy structures of the yeast spliceosomal E ...The molecular mechanisms of exon definition and back-splicing are fundamental unanswered questions in pre-mRNA splicing. Here we report cryo-electron microscopy structures of the yeast spliceosomal E complex assembled on introns, providing a view of the earliest event in the splicing cycle that commits pre-mRNAs to splicing. The E complex architecture suggests that the same spliceosome can assemble across an exon, and that it either remodels to span an intron for canonical linear splicing (typically on short exons) or catalyses back-splicing to generate circular RNA (on long exons). The model is supported by our experiments, which show that an E complex assembled on the middle exon of yeast EFM5 or HMRA1 can be chased into circular RNA when the exon is sufficiently long. This simple model unifies intron definition, exon definition, and back-splicing through the same spliceosome in all eukaryotes and should inspire experiments in many other systems to understand the mechanism and regulation of these processes.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2018年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年12月18日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_audit_support.funding_organization

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ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-0361
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
E: Pre-mRNA-processing factor 39
F: Protein NAM8
G: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
H: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71,U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71,Snu71
I: Protein LUC7
K: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
L: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
M: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
N: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
O: Small nuclear ribonucleoprotein E
P: Small nuclear ribonucleoprotein F
Q: Small nuclear ribonucleoprotein G
R: U1 snRNA
r: ACT1 pre-mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)738,77519
ポリマ-738,71018
非ポリマー651
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

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U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 ABCDH

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1


分子量: 34506.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q00916
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1C


分子量: 27106.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05900
#3: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Mutant U1 die protein 1


分子量: 40413.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32605
#4: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / U1 snRNP protein PRP42 / 65 kDa snRNP protein / Pre-mRNA-processing factor 42


分子量: 65222.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03776
#8: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71,U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71,Snu71


分子量: 9123.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53207

+
タンパク質 , 5種, 5分子 EFGIK

#5: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 39


分子量: 74834.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39682
#6: タンパク質 Protein NAM8


分子量: 57010.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q00539
#7: タンパク質 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 56575.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03782
#9: タンパク質 Protein LUC7


分子量: 30245.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07508
#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018

+
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 LMNOPQ

#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321
#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204

+
RNA鎖 , 2種, 2分子 Rr

#17: RNA鎖 U1 snRNA / U1 spliceosomal RNA


分子量: 182114.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023756
#18: RNA鎖 ACT1 pre-mRNA


分子量: 70171.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
非ポリマー , 1種, 1分子

#19: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

+
詳細

Has ligand of interestN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Saccharomyces cerevisiae spliceosomal E complex (ACT1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.13次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270587 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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