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万見
- PDB-6n1p: Dihedral oligomeric complex of GyrA N-terminal fragment with DNA,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1p
タイトルDihedral oligomeric complex of GyrA N-terminal fragment with DNA, solved by cryoEM in C2 symmetry
要素
  • (DNA (44-MER)) x 2
  • DNA gyrase subunit ADNAジャイレース
キーワードISOMERASE/DNA / topoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / oligomeric complex (オリゴマー) / DNA complex (デオキシリボ核酸) / gyrase (DNAジャイレース) / T-segment / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / 染色体 / DNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae G54 (肺炎レンサ球菌)
Cloning vector pBR322 (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.35 Å
データ登録者Soczek, K.M. / Grant, T. / Rosenthal, P.B. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 英国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM051350 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM118108 米国
Cancer Research UKFC001143 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001143 英国
Wellcome TrustFC001143 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: CryoEM structures of open dimers of gyrase A in complex with DNA illuminate mechanism of strand passage.
著者: Katarzyna M Soczek / Tim Grant / Peter B Rosenthal / Alfonso Mondragón /
要旨: Gyrase is a unique type IIA topoisomerase that uses ATP hydrolysis to maintain the negatively supercoiled state of bacterial DNA. In order to perform its function, gyrase undergoes a sequence of ...Gyrase is a unique type IIA topoisomerase that uses ATP hydrolysis to maintain the negatively supercoiled state of bacterial DNA. In order to perform its function, gyrase undergoes a sequence of conformational changes that consist of concerted gate openings, DNA cleavage, and DNA strand passage events. Structures where the transported DNA molecule (T-segment) is trapped by the A subunit have not been observed. Here we present the cryoEM structures of two oligomeric complexes of open gyrase A dimers and DNA. The protein subunits in these complexes were solved to 4 Å and 5.2 Å resolution. One of the complexes traps a linear DNA molecule, a putative T-segment, which interacts with the open gyrase A dimers in two states, representing steps either prior to or after passage through the DNA-gate. The structures locate the T-segment in important intermediate conformations of the catalytic cycle and provide insights into gyrase-DNA interactions and mechanism.
履歴
登録2018年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9316
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit A
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit A
E: DNA gyrase subunit A
F: DNA gyrase subunit A
G: DNA gyrase subunit A
H: DNA gyrase subunit A
I: DNA (44-MER)
J: DNA (44-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,92110
ポリマ－490,92110
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
DNA gyrase subunit A / DNAジャイレース


分子量: 57977.578 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 20-506 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae G54 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: gyrA_1, gyrA, ERS409327_01712 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0Y2BJX7, UniProt: Q8DPM2*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 13641.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cloning vector pBR322 (その他)
#3: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 13458.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cloning vector pBR322 (その他)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of DNA Gyrase A subunit with DNA in C2 symmetryCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2DNA Gyrase ACOMPLEX#11RECOMBINANT
3DNAデオキシリボ核酸COMPLEX#2-#31NATURAL
分子量値: 0.49 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Streptococcus pneumoniae G54 (肺炎レンサ球菌)512566
23Cloning vector pBR322 (その他)47470
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pMCSG7
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
255 mMpotassium chlorideKCl1
310 mMstrontium chlorideSrCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 30000 X / 倍率（補正後）: 40323 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 718
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2Leginon3.2画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7MDFF0.4モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13REFMAC5モデル精密化
14PHENIX1.12-2829モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 387297
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 6.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30637 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 4Z2C

4z2c


PDB chain-ID: A / Accession code: 4Z2C / Pdb chain residue range: 2-486 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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