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万見
- PDB-6mzy: Cryo-EM structure of the HO BMC shell: Icosahedral reconstruction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mzy
タイトルCryo-EM structure of the HO BMC shell: Icosahedral reconstruction of the compacted subpopulation
要素
  • (Microcompartments proteinBacterial microcompartment) x 2
  • Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome structural protein Ccml
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / microcompartment / shell / compartmentalization / BMC fold
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment vertex (BMV) domain profile. / Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome shell vertex protein CcmL / EutN/Ccml superfamily / Ethanolamine utilisation protein EutN/carboxysome / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. ...Bacterial microcompartment vertex (BMV) domain profile. / Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome shell vertex protein CcmL / EutN/Ccml superfamily / Ethanolamine utilisation protein EutN/carboxysome / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell vertex protein / Bacterial microcompartment protein homohexamer / Bacterial microcompartment protein trimer-2
類似検索 - 構成要素
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Greber, B.J. / Sutter, M. / Kerfeld, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5 R01 AI114975-05 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-91ER20021 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The Plasticity of Molecular Interactions Governs Bacterial Microcompartment Shell Assembly.
著者: Basil J Greber / Markus Sutter / Cheryl A Kerfeld /
要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are composed of an enzymatic core encapsulated by a selectively permeable protein shell that enhances catalytic efficiency. Many pathogenic bacteria derive ...Bacterial microcompartments (BMCs) are composed of an enzymatic core encapsulated by a selectively permeable protein shell that enhances catalytic efficiency. Many pathogenic bacteria derive competitive advantages from their BMC-based catabolism, implicating BMCs as drug targets. BMC shells are of interest for bioengineering due to their diverse and selective permeability properties and because they self-assemble. A complete understanding of shell composition and organization is a prerequisite for biotechnological applications. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a BMC shell at 3.0-Å resolution, using an image-processing strategy that allowed us to determine the previously uncharacterized structural details of the interactions formed by the BMC-T and BMC-T shell subunits in the context of the assembled shell. We found unexpected structural plasticity among these interactions, resulting in distinct shell populations assembled from varying numbers of the BMC-T and BMC-T subunits. We discuss the implications of these findings on shell assembly and function.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9310
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9310
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome structural protein Ccml
A2: Microcompartments protein
A3: Microcompartments protein
A4: Microcompartments protein
A5: Microcompartments protein
A6: Microcompartments protein
A7: Microcompartments protein
A8: Microcompartments protein
A9: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4359
ポリマ－116,4359
非ポリマー00
水0
1
A1: Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome structural protein Ccml
A2: Microcompartments protein
A3: Microcompartments protein
A4: Microcompartments protein
A5: Microcompartments protein
A6: Microcompartments protein
A7: Microcompartments protein
A8: Microcompartments protein
A9: Microcompartments protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,986,094540
ポリマ－6,986,094540
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A1: Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome structural protein Ccml
A2: Microcompartments protein
A3: Microcompartments protein
A4: Microcompartments protein
A5: Microcompartments protein
A6: Microcompartments protein
A7: Microcompartments protein
A8: Microcompartments protein
A9: Microcompartments protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 582 kDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,17545
ポリマ－582,17545
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A1: Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome structural protein Ccml
A2: Microcompartments protein
A3: Microcompartments protein
A4: Microcompartments protein
A5: Microcompartments protein
A6: Microcompartments protein
A7: Microcompartments protein
A8: Microcompartments protein
A9: Microcompartments protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 699 kDa, 54 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)698,60954
ポリマ－698,60954
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome structural protein Ccml


分子量: 9866.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_5814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LHE5
#2: タンパク質
Microcompartments protein / Bacterial microcompartment


分子量: 10126.718 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_5815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LID5
#3: タンパク質 Microcompartments protein / Bacterial microcompartment


分子量: 22904.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_5816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LID6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial microcompartment shell from Haliangium ochraceum
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 6.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
250 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.01 %NP-40 substitute1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 5-7 sec incubation of the sample on the grid before blotting and plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 48543 X / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 928
詳細: 928 images retained after inspection for image quality. Movie frames were aligned and dose weighed using Motioncor2.
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION1.4初期オイラー角割当
11FREALIGN9最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13FREALIGN9３次元再構成
CTF補正詳細: Initial CTF fitting using CTFFIND4, CTF correction applied within RELION.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 31800
詳細: 1000 particles were picked manually to generate reference templates for subsequent auto-picking in RELION 1.4.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2276 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Frequency-limited refinement in FREALIGN. To avoid overfitting, resolutions higher than 3.6 Angstroms were excluded from the refinement. Icosahedral symmetry was imposed throughout the refinement procedure.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5V74

5v74


Accession code: 5V74 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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