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- PDB-6mxf: MicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mxf
タイトルMicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution
要素Thiostreptonチオストレプトン
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質)
機能・相同性Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / defense response to bacterium / extracellular region / チオストレプトン / チオストレプトン
機能・相同性情報
生物種Streptomyces azureus (バクテリア)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Jones, C.G. / Martynowycz, M.W. / Hattne, J. / Fulton, T. / Stoltz, B.M. / Rodriguez, J.A. / Nelson, H.M. / Gonen, T.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650604 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080269 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128867 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128936 米国
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: The CryoEM Method MicroED as a Powerful Tool for Small Molecule Structure Determination.
著者: Christopher G Jones / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tyler J Fulton / Brian M Stoltz / Jose A Rodriguez / Hosea M Nelson / Tamir Gonen /
要旨: In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful ...In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful spectroscopic techniques have been developed to address this challenge. While almost all of these techniques rely on inference of connectivity, the unambiguous determination of a small molecule's structure requires X-ray and/or neutron diffraction studies. In practice, however, X-ray crystallography is rarely applied in routine organic chemistry due to intrinsic limitations of both the analytes and the technique. Here we report the use of the electron cryo-microscopy (cryoEM) method microcrystal electron diffraction (MicroED) to provide routine and unambiguous structural determination of small organic molecules. From simple powders, with minimal sample preparation, we could collect high-quality MicroED data from nanocrystals (∼100 nm, ∼10 g) resulting in atomic resolution (<1 Å) crystal structures in minutes.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref / Item: _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession
改定 2.02019年11月27日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9292
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9292
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiostrepton


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8061
ポリマ－1,8061
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area1690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.219, 26.219, 27.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Thiostrepton / チオストレプトン / チオストレプトン


タイプ: Thiopeptideチオペプチド / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 1805.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Thiostrepton is a hetrocyclic thiopeptide belonging to the thiocillin family, consisting of four thiazole, one thiozoline and one piperideine rings. A modified quinoline linked to main-chain ...詳細: Thiostrepton is a hetrocyclic thiopeptide belonging to the thiocillin family, consisting of four thiazole, one thiozoline and one piperideine rings. A modified quinoline linked to main-chain residue 1 and side-chain of residue 12. Post translational maturation of thiazole and oxazole containing antibiotics involves the enzymic condensation of a Cys or Ser with the alpha-carbonyl of the preceding amino acid to form a thioether or ether bond, then dehydration to form a double bond with the alpha-amino nitrogen. Thiazoline or oxazoline ring are dehydrogenated to form thiazole or oxazole rings. the pyridinyl involves the cross-linking of a Ser and a Cys-Ser pair usually separated by 7 or 8 residues along the peptide chain. The Ser residues are dehydrated to didehydroalanines, then bonded between their beta carbons. The alpha carbonyl of the Cys condenses with alpha carbon of the first Ser to form a pyridinyl ring. The ring may be mutiply dehydrogenated to form a pyridine ring with loss of the amino nitrogen of the first Ser. The amidation of Ser-17 probably does not occur by the same mechanism, oxidative cleavage of glycine, as in eukaryotes.
由来: (合成) Streptomyces azureus (バクテリア) / 参照: チオストレプトン, UniProt: P0C8P8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC ...THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC CORE, CONSISTING OF A NITROGEN CONTAINING, SIX-MEMBERED RING CENTRAL TO DEHYDROAMINO ACIDS AND A SUBSET OF FIVE MEMBER RING STRUCTURES INCLUDING THIAZOLES, THIAZOLINES AND OXAZOLES. HERE, THIOSTREPTON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Thiostreptonチオストレプトン / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: .001619538000 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Streptomyces azureus (バクテリア)
EM crystal formation詳細: Powder
緩衝液pH: 7 / 詳細: Powder
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Powder
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Hand-plunged

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.21 sec. / 電子線照射量: 0.09 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 214 / 撮影したグリッド数: 1 / 詳細: FEI CetaD
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 960 mm
EM回折 シェル解像度: 1.91→2.13 Å / フーリエ空間範囲: 40.3 % / 多重度: 4.9 / 構造因子数: 92 / 位相残差: 29.19 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 78.6 % / 再高解像度: 1.91 Å / 測定した強度の数: 5578 / 構造因子数: 686 / 位相誤差: 26.93 ° / 位相残差: 26.93 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.236 / Rsym: 0.236
放射光源波長: 0.0251 Å
検出器日付: 2018年10月3日
放射波長波長: 0.0251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→18.99 Å / Num. obs: 686 / % possible obs: 78.6 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.251 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.9→2.13 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 93 / CC1/2: 0.813 / % possible all: 40.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
6MOLREP11.6.04モデルフィッティング
8MOLREP11.6.04分子置換
10POINTLESS1.11.14対称性決定
11AIMLESS0.7.3crystallography merging
13REFMAC5.8.0232モデル精密化
画像処理詳細: FEI Ceta
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 26.219 Å / B: 26.219 Å / C: 27.534 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.91 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 2.6 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 1E9W

1e9w


PDB chain-ID: A / Accession code: 1E9W / Pdb chain residue range: 0-18 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1e9w

1e9w


解像度: 1.91→18.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.282 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21798 57 8.4 %RANDOM
Rwork0.19046 ---
obs0.19276 620 78.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 6.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0150.017123
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0250.018107
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg2.762.241120
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.3742.283213
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg3.62353
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg7.901154
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0620.215
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.010.02135
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0030.0249
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it0.6250.79862
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other0.620.8163
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it0.8931.19437
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other0.8811.22338
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it0.6090.74360
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other0.6040.75461
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other0.8921.16184
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_refined1.54610.96101
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_other1.53910.959102
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_free
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.915→1.964 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.182 2 -
obs--3.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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