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万見
- PDB-6mtb: Rabbit 80S ribosome with P- and Z-site tRNAs (unrotated state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtb
タイトルRabbit 80S ribosome with P- and Z-site tRNAs (unrotated state)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 32
  • (60S ribosomal protein ...) x 43
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • 28S rRNA28SリボソームRNA
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • P-site tRNA
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Z-site tRNA
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic ribosome / 5S rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 核小体 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain ...Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e, conserved site / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / S4 domain / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S7p/S5e / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L22 signature. / Ubiquitin domain profile. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L3 signature. / KOW motif / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
unidentified (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Brown, A. / Baird, M.R. / Yip, M.C.J. / Murray, J. / Shao, S.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structures of translationally inactive mammalian ribosomes.
著者: Alan Brown / Matthew R Baird / Matthew Cj Yip / Jason Murray / Sichen Shao /
要旨: The cellular levels and activities of ribosomes directly regulate gene expression during numerous physiological processes. The mechanisms that globally repress translation are incompletely understood. ...The cellular levels and activities of ribosomes directly regulate gene expression during numerous physiological processes. The mechanisms that globally repress translation are incompletely understood. Here, we use electron cryomicroscopy to analyze inactive ribosomes isolated from mammalian reticulocytes, the penultimate stage of red blood cell differentiation. We identify two types of ribosomes that are translationally repressed by protein interactions. The first comprises ribosomes sequestered with elongation factor 2 (eEF2) by SERPINE mRNA binding protein 1 (SERBP1) occupying the ribosomal mRNA entrance channel. The second type are translationally repressed by a novel ribosome-binding protein, interferon-related developmental regulator 2 (IFRD2), which spans the P and E sites and inserts a C-terminal helix into the mRNA exit channel to preclude translation. IFRD2 binds ribosomes with a tRNA occupying a noncanonical binding site, the 'Z site', on the ribosome. These structures provide functional insights into how ribosomal interactions may suppress translation to regulate gene expression.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_ref ...pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.02019年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / entity_poly ...atom_site / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9237
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: mRNA
2: P-site tRNA
4: Z-site tRNA
5: 28S rRNA
7: 5S rRNA
8: 5.8S rRNA
A: 60S ribosomal protein L8
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6
F: 60S ribosomal protein L7
G: 60S ribosomal protein L7a
H: 60S ribosomal protein L9
I: 60S ribosomal protein L10
J: 60S ribosomal protein L11
L: 60S ribosomal protein L13
M: 60S ribosomal protein L14
N: 60S ribosomal protein L15
O: 60S ribosomal protein L13a
P: 60S ribosomal protein L17
Q: 60S ribosomal protein L18
R: 60S ribosomal protein L19
S: 60S ribosomal protein L18a
T: 60S ribosomal protein L21
U: 60S ribosomal protein L22
V: 60S ribosomal protein L23
W: 60S ribosomal protein L24
X: 60S ribosomal protein L23a
Y: 60S ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
a: 60S ribosomal protein L27a
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L30
d: 60S ribosomal protein L31
e: 60S ribosomal protein L32
f: 60S ribosomal protein L35a
g: 60S ribosomal protein L34
h: 60S ribosomal protein L35
i: 60S ribosomal protein L36
j: 60S ribosomal protein L37
k: 60S ribosomal protein L38
l: 60S ribosomal protein L39
m: 60S ribosomal protein L40
n: 60S ribosomal protein L41
o: 60S ribosomal protein L36a
p: 60S ribosomal protein L37a
r: 60S ribosomal protein L28
u: 60S ribosomal protein L10a
9: 18S rRNA
AA: 40S ribosomal protein SA
BB: 40S ribosomal protein S3a
CC: 40S ribosomal protein S2
DD: 40S ribosomal protein S3
EE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
FF: 40S ribosomal protein S5
GG: 40S ribosomal protein S6
HH: 40S ribosomal protein S7
II: 40S ribosomal protein S8
JJ: 40S ribosomal protein S9
KK: 40S ribosomal protein S10
LL: 40S ribosomal protein S11
MM: 40S ribosomal protein S12
NN: 40S ribosomal protein S13
OO: 40S ribosomal protein S14
PP: 40S ribosomal protein S15
QQ: 40S ribosomal protein S16
RR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
TT: 40S ribosomal protein S19
UU: 40S ribosomal protein S20
VV: 40S ribosomal protein S21
WW: 40S ribosomal protein S15a
XX: 40S ribosomal protein S23
YY: 40S ribosomal protein S24
ZZ: 40S ribosomal protein S25
aa: 40S ribosomal protein S26
bb: 40S ribosomal protein S27
cc: 40S ribosomal protein S28
dd: 40S ribosomal protein S29
ee: 40S ribosomal protein S30
ff: 40S ribosomal protein S27a
gg: Receptor of activated protein C kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,234,942388
ポリマ－3,227,20083
非ポリマー7,742305
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 1245789

#1: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 2205.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#2: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: RNA鎖 Z-site tRNA


分子量: 24102.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: RNA鎖 28S rRNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1167366.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#5: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#6: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 48559.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#50: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 548638.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
60S ribosomal protein ... , 43種, 43分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L8 /


分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L3 /


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L4 /


分子量: 41114.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L5 /


分子量: 34077.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L6 /


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7 /


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L7a /


分子量: 36221.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L9 /


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L10 /


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L11 /


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 24200.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L14 /


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L15 /


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L13a /


分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L17 /


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SCJ6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18 /


分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L19 /


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L18a /


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L21 /


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L22 /


分子量: 11495.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L23 /


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L24 /


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L23a /


分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L26 /


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L27a /


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L29 /


分子量: 26708.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L30 /


分子量: 10914.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L31 /


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437, UniProt: G1TUN8*PLUS
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35a /


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L34 /


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L35 /


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L37 /


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 /


分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L40 /


分子量: 6212.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#45: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 /


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L36a /


分子量: 12070.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L37a /


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L28 /


分子量: 14220.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L10a /


分子量: 23599.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8

+
40S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 AABBCCDDEEFFGGHHIIJJKKLLMMNNOOPPQQRRSSTTUUVVWWXXYYZZaabbccddeeff

#51: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA


分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S2 /


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S3 /


分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / リボソーム


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S5 /


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S9 /


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S10 /


分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S11 /


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 13048.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S13 /


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S14 /


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S15 /


分子量: 14246.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S17 /


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S18 /


分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S19 /


分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S20 /


分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S15a /


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S23 /


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S28 /


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S29 /


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6317.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S27a /


分子量: 7986.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22

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タンパク質 , 1種, 1分子 gg

#83: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4

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非ポリマー , 2種, 305分子

#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

配列の詳細According to the authors the sample sequences cannot include all nucleotides, as the rabbit genome ...According to the authors the sample sequences cannot include all nucleotides, as the rabbit genome is incomplete for the ribosomal RNA.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rabbit 80S ribosome with a P- and Z-site tRNA (unrotated state)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞内の位置: cytoplasm
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 1-17

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62560 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5LZV

5lzv

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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