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- PDB-6m9c: PSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL PROTEINASE (SEDOLISIN) COMPLEXED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9c
タイトルPSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL PROTEINASE (SEDOLISIN) COMPLEXED WITH THE INHIBITOR Pseudotyrostatin
要素
  • Pseudotyrostatin
  • SEDOLISIN
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / Serine-carboxyl proteinase / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sedolisin / ペリプラズム / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S53, activation domain / Sedolisin domain / Pro-kumamolisin, activation domain / Sedolisin domain profile. / Pro-kumamolisin, activation domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain ...Peptidase S53, activation domain / Sedolisin domain / Pro-kumamolisin, activation domain / Sedolisin domain profile. / Pro-kumamolisin, activation domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PSEUDOTYROSTATIN (Bound Form) / 酢酸 / Pseudomonalisin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (シュードモナス属)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wlodawer, A. / Li, M. / Gustchina, A. / Dauter, Z. / Uchida, K. / Oyama, H. / Goldfarb, N.E. / Dunn, B.M. / Oda, K.
資金援助 日本, 米国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)13460043 日本
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK18865 & AI28571 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)intramural funds 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Inhibitor complexes of the Pseudomonas serine-carboxyl proteinase
著者: Wlodawer, A. / Li, M. / Gustchina, A. / Dauter, Z. / Uchida, K. / Oyama, H. / Goldfarb, N.E. / Dunn, B.M. / Oda, K.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年10月24日ID: 1KE1
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEDOLISIN
B: Pseudotyrostatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,15211
ポリマ－38,5232
非ポリマー6299
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.270, 98.270, 83.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-721-

HOH

21A-807-

HOH

詳細As per the authors the biological assembly is a monomer

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SEDOLISIN / / Pepstatin-insensitive carboxyl proteinase / Pseudomonapepsin / Pseudomonalisin


分子量: 38108.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain 101) (シュードモナス属)
株: 101 / 遺伝子: pcp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42790, sedolisin
#2: タンパク質・ペプチド Pseudotyrostatin


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 414.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: PSEUDOTYROSTATIN (Bound Form)

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非ポリマー , 4種, 343分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE UNBOUND INHIBITOR (CHAIN B) IS Pseudotyrostatin (IVA-TYR-TYB), WITH C-TERMINAL TYROSINAL. UPON ...THE UNBOUND INHIBITOR (CHAIN B) IS Pseudotyrostatin (IVA-TYR-TYB), WITH C-TERMINAL TYROSINAL. UPON REACTION THE INHIBITOR COVALENTLY BINDS TO THE OG ATOM OF SER A287 OF THE ENZYME FORMING A TETRAHEDRAL HEMIACETAL. DUE TO THE CHEMICAL CHANGE, THE C-TERMINAL RESIDUE IS REPRESENTED IN SEQUENCE AS TYE, tyrosinol (bound form of TYROSINAL)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium sulfate, guanidinium hydrochloride, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 41476 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0.046 / 冗長度: 4.95 % / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Num. unique obs: 2099 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL2018/3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GA6

1ga6


解像度: 1.8→30 Å / Num. parameters: 12379 / Num. restraintsaints: 11394 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2079 2060 5 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
all0.1628 41473 --
obs0.1628 38648 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 2512 / Occupancy sum non hydrogen: 2721
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2721 0 36 334 3091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.35
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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