[日本語] English
万見
- PDB-6lz9: t8E4 antibody Fab complexed with the active form of HGF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lz9
タイトルt8E4 antibody Fab complexed with the active form of HGF
要素
  • (Hepatocyte growth factor肝細胞増殖因子) x 2
  • Heavy chain of t8E4 Fab fragment
  • Light chain of t8E4 Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / HGF / hepatocyte growth factor (肝細胞増殖因子) / active form (生理活性)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / 上皮間葉転換 / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / cell chemotaxis / negative regulation of autophagy / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
肝細胞増殖因子 / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...肝細胞増殖因子 / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
肝細胞増殖因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kitago, Y. / Umitsu, M. / Takagi, J.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)19am0101075 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP17H01420 日本
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: t8E4 antibody Fab complexed with the active form of HGF
著者: Umitsu, M. / Kitago, Y. / Takagi, J.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Probing conformational and functional states of human hepatocyte growth factor by a panel of monoclonal antibodies.
著者: Umitsu, M. / Sakai, K. / Ogasawara, S. / Kaneko, M.K. / Asaki, R. / Tamura-Kawakami, K. / Kato, Y. / Matsumoto, K. / Takagi, J.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor
B: Hepatocyte growth factor
H: Heavy chain of t8E4 Fab fragment
L: Light chain of t8E4 Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3104
ポリマ－87,3104
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.180, 176.180, 122.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor / 肝細胞増殖因子 / Hepatopoietin-A / Scatter factor / SF


分子量: 12280.603 Da / 分子数: 1 / 断片: K4 domain / 変異: N402Q, T476G, K491I, Q492E, L493G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This molecule was produced as one polypeptide with chain B, and this chain if N-terminal portion. After the artificial enzymatic cleavage with Factor Xa, they are connected with each other by a disulfide bond.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGF, HPTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14210
#2: タンパク質 Hepatocyte growth factor / 肝細胞増殖因子 / Hepatopoietin-A / Scatter factor / SF


分子量: 27107.373 Da / 分子数: 1 / 断片: SP domain / 変異: C561S, N566Q, N653Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This molecule was produced as one polypeptide with chain A, and this chain if C-terminal portion. After the artificial enzymatic cleavage with Factor Xa, they are connected with each other by a disulfide bond.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGF, HPTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14210
#3: 抗体 Heavy chain of t8E4 Fab fragment


分子量: 24075.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PCA residue at the N-terminus is the self-cyclized Gln residue.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: B cells fused with myeloma cells / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: hybrid (その他)
#4: 抗体 Light chain of t8E4 Fab fragment


分子量: 23847.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: B cells fused with myeloma cells / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: hybrid (その他)
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 % (w/v) PEG 10000, 0.1M Magnesium acetate, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 28218 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 72.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Num. unique obs: 4412 / CC1/2: 0.673

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SHY, 1OPG

1shy

1opg


解像度: 2.8→47.87 Å / SU ML: 0.5316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 1362 4.85 %
Rwork0.2482 26744 -
obs0.2506 28106 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5023 0 0 5 5028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00685145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97067014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.98631810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90.49731350.4432606X-RAY DIFFRACTION99.42
2.9-3.020.41011300.36392602X-RAY DIFFRACTION99.38
3.02-3.150.35841280.31512641X-RAY DIFFRACTION99.32
3.15-3.320.32491320.27822633X-RAY DIFFRACTION99.6
3.32-3.530.34091280.2662648X-RAY DIFFRACTION99.75
3.53-3.80.32251450.26622634X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.180.27771510.2142655X-RAY DIFFRACTION99.72
4.18-4.790.23291320.18612706X-RAY DIFFRACTION99.96
4.79-6.030.25341440.21572727X-RAY DIFFRACTION99.97
6.03-47.870.29751370.25632892X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.1260065328 Å / Origin y: 63.1646002203 Å / Origin z: 32.4677032777 Å
111213212223313233
T0.462367137996 Å20.243553671491 Å2-0.022692393411 Å2-0.744598728384 Å2-0.0269263440619 Å2--0.600453811156 Å2
L0.092640675664 °20.167332824822 °20.233806870869 °2-0.655833837357 °20.236605922589 °2--0.878443744717 °2
S-0.0292810727711 Å °-0.0623325263748 Å °0.00611191132443 Å °0.12305462482 Å °0.0631613910953 Å °0.0752109106947 Å °0.234326613604 Å °0.0103015896219 Å °-0.0311226856377 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る