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- PDB-6lth: Structure of human BAF Base module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lth
タイトルStructure of human BAF Base module
要素
  • (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ...) x 3
  • AT-rich interactive domain-containing protein 1A
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC2SWI/SNFファミリー
  • Transcription activator BRG1
  • Zinc finger protein ubi-d4ジンクフィンガー
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Chromatin remodeler / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / H3K9me3 modified histone binding / glucocorticoid receptor signaling pathway / blastocyst hatching / bBAF complex / npBAF complex / brahma complex ...negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / H3K9me3 modified histone binding / glucocorticoid receptor signaling pathway / blastocyst hatching / bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / neural retina development / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / XY body / nucleosome disassembly / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / hepatocyte differentiation / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / N-acetyltransferase activity / positive regulation by host of viral transcription / SWI/SNF complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / germ cell nucleus / positive regulation of T cell differentiation / cellular response to fatty acid / nuclear androgen receptor binding / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / androgen receptor signaling pathway / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / intracellular estrogen receptor signaling pathway / ATP-dependent activity, acting on DNA / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Interleukin-7 signaling / 神経発生 / helicase activity / apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / positive regulation of cell differentiation / transcription coregulator activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of cell growth / 動原体 / 核小体 / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / positive regulation of miRNA transcription / DNA integration / transcription corepressor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / p53 binding / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / histone binding / transcription coactivator activity / molecular adaptor activity / hydrolase activity / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / クロマチン / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal ...SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / DPF1-3, N-terminal / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / SWI/SNF complex subunit BRG1 / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / ARID/BRIGHT DNA binding domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / : / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SANT domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / HMG (high mobility group) box / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / Myb-like DNA-binding domain / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / BRCT domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Homeobox-like domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Armadillo-like helical / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / helicase superfamily c-terminal domain / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Transcription activator BRG1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / Zinc finger protein ubi-d4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者He, S. / Wu, Z. / Tian, Y. / Yu, Z. / Yu, J. / Wang, X. / Li, J. / Liu, B. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of nucleosome-bound human BAF complex.
著者: Shuang He / Zihan Wu / Yuan Tian / Zishuo Yu / Jiali Yu / Xinxin Wang / Jie Li / Bijun Liu / Yanhui Xu /
要旨: Mammalian SWI/SNF family chromatin remodelers, BRG1/BRM-associated factor (BAF) and polybromo-associated BAF (PBAF), regulate chromatin structure and transcription, and their mutations are linked to ...Mammalian SWI/SNF family chromatin remodelers, BRG1/BRM-associated factor (BAF) and polybromo-associated BAF (PBAF), regulate chromatin structure and transcription, and their mutations are linked to cancers. The 3.7-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of human BAF bound to the nucleosome reveals that the nucleosome is sandwiched by the base and the adenosine triphosphatase (ATPase) modules, which are bridged by the actin-related protein (ARP) module. The ATPase motor is positioned proximal to nucleosomal DNA and, upon ATP hydrolysis, engages with and pumps DNA along the nucleosome. The C-terminal α helix of SMARCB1, enriched in positively charged residues frequently mutated in cancers, mediates interactions with an acidic patch of the nucleosome. AT-rich interactive domain-containing protein 1A (ARID1A) and the SWI/SNF complex subunit SMARCC serve as a structural core and scaffold in the base module organization, respectively. Our study provides structural insights into subunit organization and nucleosome recognition of human BAF complex.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0968
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Transcription activator BRG1
L: AT-rich interactive domain-containing protein 1A
M: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
N: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
O: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
P: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
Q: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
R: Zinc finger protein ubi-d4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)886,7799
ポリマ－886,7148
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area55610 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area83310 Å2

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要素

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タンパク質 , 4種, 5分子 ILNOR

#1: タンパク質 Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 184923.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 1A / ARID domain-containing protein 1A


分子量: 242250.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID1A / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14497
#4: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / SWI/SNFファミリー / BRG1-associated factor 170 / BAF170 / SWI/SNF complex 170 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix- ...BRG1-associated factor 170 / BAF170 / SWI/SNF complex 170 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily C member 2


分子量: 133048.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAQ2
#7: タンパク質 Zinc finger protein ubi-d4 / ジンクフィンガー


分子量: 44222.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPF2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92785

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SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ... , 3種, 3分子 MPQ

#3: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量: 44199.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12824
#5: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1


分子量: 58311.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCD1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GM5
#6: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1


分子量: 46710.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCE1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969G3

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非ポリマー , 1種, 1分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of human BAF Base module / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
9cryoSPARC2.12.4初期オイラー角割当
10RELION3.0.8最終オイラー角割当
11RELION3.0.8分類
12cryoSPARC2.12.4３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197606 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00515266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66420605
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.2239418
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432302
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052653

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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