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- PDB-6lat: The cryo-EM structure of HEV VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lat
タイトルThe cryo-EM structure of HEV VLP
要素Protein ORF2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / HEV / T=1
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / : / : / Structural protein 2 second domain / Structural protein 2 C-terminal domain / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / : / : / Structural protein 2 second domain / Structural protein 2 C-terminal domain / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2 / Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zheng, Q. / He, M. / Li, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81571996 中国
National Natural Science Foundation of China81871247 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Viral neutralization by antibody-imposed physical disruption.
著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / ...著者: Qingbing Zheng / Jie Jiang / Maozhou He / Zizheng Zheng / Hai Yu / Tingting Li / Wenhui Xue / Zimin Tang / Dong Ying / Zekai Li / Shuo Song / Xinlin Liu / Kaihang Wang / Zhiqing Zhang / Daning Wang / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical ...In adaptive immunity, organisms produce neutralizing antibodies (nAbs) to eliminate invading pathogens. Here, we explored whether viral neutralization could be attained through the physical disruption of a virus upon nAb binding. We report the neutralization mechanism of a potent nAb 8C11 against the hepatitis E virus (HEV), a nonenveloped positive-sense single-stranded RNA virus associated with abundant acute hepatitis. The 8C11 binding flanks the protrusion spike of the HEV viruslike particles (VLPs) and leads to tremendous physical collision between the antibody and the capsid, dissociating the VLPs into homodimer species within 2 h. Cryo-electron microscopy reconstruction of the dissociation intermediates at an earlier (15-min) stage revealed smeared protrusion spikes and a loss of icosahedral symmetry with the capsid core remaining unchanged. This structural disruption leads to the presence of only a few native HEV virions in the ultracentrifugation pellet and exposes the viral genome. Conceptually, we propose a strategy to raise collision-inducing nAbs against single spike moieties that feature in the context of the entire pathogen at positions where the neighboring space cannot afford to accommodate an antibody. This rationale may facilitate unique vaccine development and antimicrobial antibody design.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0863
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0863
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ORF2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3031
ポリマ－51,3031
非ポリマー00
水0
1
A: Protein ORF2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,078,18460
ポリマ－3,078,18460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22090 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Protein ORF2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 257 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,5155
ポリマ－256,5155
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Protein ORF2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 308 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,8186
ポリマ－307,8186
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Protein ORF2 / HEV p495 protein


分子量: 51303.062 Da / 分子数: 1 / 変異: P162S,N200S,A511S,L569I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P6DD72, UniProt: P33426*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hepatitis E virusOrthohepevirus A / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13759 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0123556
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1274862
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.6412121
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.064577
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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